ob-R: don't process output when "scalar" or "verbatim"
authorEric Schulte <schulte.eric@gmail.com>
Thu, 15 Sep 2011 21:43:35 +0000 (15:43 -0600)
committerEric Schulte <schulte.eric@gmail.com>
Thu, 15 Sep 2011 21:43:35 +0000 (15:43 -0600)
* lisp/ob-R.el (org-babel-execute:R): Collect and pass along the
  result-params.
  (org-babel-R-evaluate): Accept result-params and if "scalar" or
  "verbatim" don't process output.
  (org-babel-R-evaluate-session): Accept result-params and if "scalar"
  or "verbatim" don't process output.

lisp/ob-R.el

index 09c8950..f99664e 100644 (file)
@@ -79,7 +79,8 @@
   "Execute a block of R code.
 This function is called by `org-babel-execute-src-block'."
   (save-excursion
-    (let* ((result-type (cdr (assoc :result-type params)))
+    (let* ((result-params (cdr (assoc :result-params params)))
+          (result-type (cdr (assoc :result-type params)))
            (session (org-babel-R-initiate-session
                     (cdr (assoc :session params)) params))
           (colnames-p (cdr (assoc :colnames params)))
@@ -88,7 +89,7 @@ This function is called by `org-babel-execute-src-block'."
           (full-body (org-babel-expand-body:R body params graphics-file))
           (result
            (org-babel-R-evaluate
-            session full-body result-type
+            session full-body result-type result-params
             (or (equal "yes" colnames-p)
                 (org-babel-pick-name
                  (cdr (assoc :colname-names params)) colnames-p))
@@ -231,16 +232,15 @@ current code buffer."
 (defvar org-babel-R-write-object-command "{function(object,transfer.file){object;invisible(if(inherits(try({tfile<-tempfile();write.table(object,file=tfile,sep=\"\\t\",na=\"nil\",row.names=%s,col.names=%s,quote=FALSE);file.rename(tfile,transfer.file)},silent=TRUE),\"try-error\")){if(!file.exists(transfer.file))file.create(transfer.file)})}}(object=%s,transfer.file=\"%s\")")
 
 (defun org-babel-R-evaluate
-  (session body result-type column-names-p row-names-p)
+  (session body result-type result-params column-names-p row-names-p)
   "Evaluate R code in BODY."
-  (if session
-      (org-babel-R-evaluate-session
-       session body result-type column-names-p row-names-p)
-    (org-babel-R-evaluate-external-process
-     body result-type column-names-p row-names-p)))
+  (funcall (if session
+              #'org-babel-R-evaluate-session
+            #'org-babel-R-evaluate-external-process)
+          body result-type result-params column-names-p row-names-p))
 
 (defun org-babel-R-evaluate-external-process
-  (body result-type column-names-p row-names-p)
+  (body result-type result-params column-names-p row-names-p)
   "Evaluate BODY in external R process.
 If RESULT-TYPE equals 'output then return standard output as a
 string. If RESULT-TYPE equals 'value then return the value of the
@@ -257,11 +257,17 @@ last statement in BODY, as elisp."
                               (format "{function ()\n{\n%s\n}}()" body)
                               (org-babel-process-file-name tmp-file 'noquote)))
        (org-babel-R-process-value-result
-       (org-babel-import-elisp-from-file tmp-file '(16)) column-names-p)))
+       (if (or (member "scalar" result-params)
+               (member "verbatim" result-params))
+           (with-temp-buffer
+             (insert-file-contents tmp-file)
+             (buffer-string))
+         (org-babel-import-elisp-from-file tmp-file '(16)))
+       column-names-p)))
     (output (org-babel-eval org-babel-R-command body))))
 
 (defun org-babel-R-evaluate-session
-  (session body result-type column-names-p row-names-p)
+  (session body result-type result-params column-names-p row-names-p)
   "Evaluate BODY in SESSION.
 If RESULT-TYPE equals 'output then return standard output as a
 string. If RESULT-TYPE equals 'value then return the value of the
@@ -283,7 +289,13 @@ last statement in BODY, as elisp."
                  "FALSE")
                ".Last.value" (org-babel-process-file-name tmp-file 'noquote)))
        (org-babel-R-process-value-result
-       (org-babel-import-elisp-from-file tmp-file '(16))  column-names-p)))
+       (if (or (member "scalar" result-params)
+               (member "verbatim" result-params))
+           (with-temp-buffer
+             (insert-file-contents tmp-file)
+             (buffer-string))
+         (org-babel-import-elisp-from-file tmp-file '(16)))
+       column-names-p)))
     (output
      (mapconcat
       #'org-babel-chomp