Add support for indented tables in ODT export

* etc/styles/OrgOdtContentTemplate.xml
(OrgIndentedSection-Level-*): New section styles. These
sections are indented to the same level as the corresponding
list entries.  These sections hold tables that occur within a
list.
(OrgTable): Increased relative width from 90% to 96% for
aesthetic reasons.

* lisp/org-odt.el (org-odt-table-indentedp): New variable
(org-odt-begin-table): Modified.  If the table is within a
list, temporarily leave the list and begin an indented section
before emitting the table.
(org-odt-end-table): Modified.  If the table was within a
list, close the indented section and re-open the list
immediately after ending the table.
(org-odt-continue-list, org-odt-discontinue-list): Helper
routines to temporarily discontinue and continue a list.
(org-odt-list-stack-stashed): New variable to hold the state
of a pending list.
(org-odt-begin-list, org-odt-begin-list-item)
(org-odt-end-list-item): Modified. Handle nitty-gritties for
continuing a list and list item.
(org-odt-section-count): New variable that keeps track of
section count.  Used in conjunction with naming of sections.
(org-odt-begin-section, org-odt-end-section): New defuns.
(org-odt-init-outfile): Initialize
`org-odt-list-stack-stashed' and `org-odt-section-count'.

* lisp/org-lparse.el (org-lparse-list-item-count): Removed. Was a
superfluous variable.
(org-lparse-list-level): Removed.  Now derived from
`org-lparse-list-stack'.
(org-lparse-list-stack): New.  List that records the list
types - ordered, unordered or descriptive - in the following
order: self, parent, grand-parent etc.
(org-do-lparse): Added, removed above let-bound vars.
Disallowed regular tables within list-table block.
(org-lparse-begin-list, org-lparse-end-list)
(org-lparse-begin-list-item, org-lparse-end-list-item):
Propagate above changes.

OpenDocument doesn't permit tables to occur in the middle of a
list.  Use list continuations and indented sections to typeset
indented tables.

Fixes the following bug:
http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-orgmode/2012-01/msg00515.html

fix bug in property list updates

* lisp/org.el (org-update-property-plist): Fix bug in property list
  updates.

fixed bug in org-babel-balanced-split when run on Emacs22

 Thanks to Martyn Jago for the test case

* lisp/ob.el (org-babel-balanced-split): Explicit checking if list
  before calling member.
* testing/lisp/test-ob.el (test-ob/org-babel-balanced-split): Testing
  the new Emacs22-proof behavior.

specify "," as default sqlite output seperator

* lisp/ob-sqlite.el (org-babel-execute:sqlite): Specify the use of ","
  as the separator to `org-table-convert-region'.  Fixes errors when
  only one result per line of output.

unified stripping of protective commas -- idempotent org-edit-src-code

* lisp/ob.el (org-babel-strip-protective-commas): Use
  `org-strip-protective-commas'.
* lisp/org-exp.el (org-export-select-backend-specific-text): Use
  `org-strip-protective-commas'.
* lisp/org-src.el (org-edit-src-code): Use
  `org-strip-protective-commas'.
* lisp/org.el (org-strip-protective-commas): Single definition for
  this functionality.

manual: fix references to Calc manual

* doc/org.texi: Decapitalize file name in references to Calc manual.

On a case sensitive file system the references from the HTML Org
manual (e. g. the link href="Calc.html#Embedded-Mode" or
href="../Calc/Embedded-Mode.html#Embedded-Mode") to the HTML Calc
manual (e. g. the file calc.html or calc/Embedded-Mode.html) do not
match.

mention ob-sqlite in the comments of ob-sql

* lisp/ob-sql.el: Mention ob-sqlite in the comments of ob-sql.

Fix old Babel syntax

Generalize to multiple "prop+" properties.

* lisp/org.el (org-entry-get): Generalize to multiple "prop+" properties.

Accumulate properties from subtree property drawers.

* lisp/org.el (org-entry-get): Accumulate properties from subtree
  property drawers.

org-footnote: Fix bogus defvar declares

* lisp/org-footnote.el (org-blank-before-new-entry,
  org-export-footnotes-seen, org-export-footnotes-data): Fix bogus
  declarations.

This fixes bug #10745.  Thanks to Steve Revilak for the report and to
Glenn Morris for the solution.

Fix special C-a and C-e behaviour with visual lines

* lisp/org.el (org-beginning-of-line, org-end-of-line): Fix special
  C-a and C-e behaviour with visual lines.

updated babel key binding documentation in manual

* doc/org.texi (Key bindings and useful functions): Updated babel key
  binding documentation in manual.

concluding cherry pick

changed the name of exporting comment blocks

* lisp/org-exp-blocks.el (org-export-blocks): Changed the name of
  exporting comment blocks given that it seems regular comment blocks
  no longer export.

org-footnote: Better blank lines control when inserting a footnote

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-create-definition): Fix space
  insertion when creating a new footnote. This fixes newline munching
  when `org-footnote-section' is nil and blank lines stacking when it
  isn't nil.

Thanks to Eric Abrahamsen for reporting this.

org-footnote: Fix export bug introduced by previous commit

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-normalize): Make sure that
  footnotes are moved to a single place during export.

org-footnote: Fix normalization when no footnote section is defined

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-normalize): Ensure footnote
  definition will be inserted at the end of the section corresponding
  to to its first reference.

org-footnote: Fix definition ending retrieval with no footnote section

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-at-definition-p): Make sure to
  move point at the beginning of the separator before skiping white
  spaces.  Refactor code.

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into maint

org-exp: Fix export error with code blocks within lists

* lisp/org-exp.el (org-export-select-backend-specific-text): Always
  preserve original indentation as a text property so that lists do
  not get broken by indentation at column 0.

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into maint

fix bug introduced by 794319dfd9f11827ca0fce2043dfa95547eafe84

don't allow newlines in source names in noweb references

* lisp/ob.el (org-babel-expand-noweb-references): Don't allow newlines
  in source names in noweb references.

inhibit R evaluation visibility regardless of local user customization

* lisp/ob-R.el (org-babel-R-evaluate-session): Inhibit R evaluation
  visibility regardless of local user customization.

splitting large tests up into smaller units

  This make it easier to track down the cause of failing tests.

inline src block tests by Martyn Jago

* testing/lisp/test-ob.el (test-org-babel/inline-src_blk-preceded-punct):
  Inline src block tests by Martyn Jago.

Link to Org file: regard startup view state

* lisp/org.el (org-open-link-from-string): Regard `reference-buffer'
when setting `org-inhibit-startup'.

When opening a link to another Org file not yet opened (first close it
if opened) before this patch:
1) When point is on the line with the link and the line is not a
   heading then the target file is opened with the target file startup
   view state, e. g. the default OVERVIEW.
2) When point is on the heading of the entry of which the link is part
   of then the target file is opened with "SHOW ALL". But it is
   expected to regard the target file startup view state like case 1).
Note: Only in case 2) `org-open-at-point' uses
`org-offer-links-in-entry' and from there `org-open-link-from-string'.

example current buffer with link:
#+BEGIN_SRC org
  ,* section
  ,  [[file:myfile.org::*mytarget]]
#+END_SRC

example target file myfile.org:
#+BEGIN_SRC org
  ,* mytarget
  ,  text
  ,*** subsection
#+END_SRC

Don't insert extra space between inline src block and results on export.

* lisp/ob-exp.el (org-babel-exp-non-block-elements): Don't insert
  extra space between inline src block and results on export.

allow *any* punctuation to proceed an inline src block

  Thanks to Martyn Jago for this change.

* lisp/ob.el (org-babel-get-inline-src-block-matches): Allow *any*
  punctuation to proceed an inline src block.

add ( to the list of characters allowed to proceed an inline src block

* lisp/ob.el (org-babel-get-inline-src-block-matches): Add ( to the
  list of characters allowed to proceed an inline src block.

fixed two issues with noweb reference expansion

* lisp/ob.el (org-babel-expand-noweb-references): Only allow
  reference names which start and end with non-whitespace characters.
  Also, raise errors as appropriate given org-babel-noweb-error-langs.

update tests

replace org-babel-noweb-separator variable with :noweb-sep header argument

* doc/org.texi (noweb-sep): Document new header argument.
* lisp/ob.el (org-babel-common-header-args-w-values): Add new header
  argument.
  (org-babel-expand-noweb-references): Use header argument rather than
  customization variable.

customizable noweb reference separator

* lisp/ob.el (org-babel-noweb-separator): Custom variable for
  accumulated noweb references.
  (org-babel-expand-noweb-references): Allow separator for noweb
  references.
* doc/org.texi (noweb-ref): Documentation of this new custom variable.

don't report valid header arguments as suspicious

* lisp/ob.el (org-babel-check-src-block): Don't report valid header
  arguments as suspicious.

evaluate all executables in buffer order on export

* lisp/ob-exp.el (org-babel-exp-non-block-elements): Map over both
  inline src blocks and call lines on export.

correctly position point when mapping hits an inline code block

* lisp/ob.el (org-babel-map-executables): Correctly position point when
  mapping hits an inline code block.

Map "screen" to shell-script-mode

Ensure params are incorporated *before* checking if evaluation is legal

* lisp/ob.el (org-babel-execute-src-block): Ensure params are
  incorporated *before* checking if evaluation is legal.

Ensure markers are used during lob export

* lisp/ob-exp.el (org-babel-exp-lob-one-liners): Ensure `end' is a
  marker so it is updated as required during export.

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into origin-maint

org.el: Fix bug in done headline fontification.

* org.el (org-set-font-lock-defaults): Fix bug in done
headline fontification.

Thanks to Brian J. Carlson for pointing this error and
a solution.

Revert "remove #+name and #+result hiding"

This reverts commit 8a8a56c27715740053d8a7ea2ba6411b781a22f1.

remove all calls to `gensym'

* lisp/ob.el (org-babel-map-src-blocks): Replace gensym with make-symbol.
  (org-babel-map-inline-src-blocks): Replace gensym with make-symbol.
  (org-babel-map-call-lines): Replace gensym with make-symbol.
  (org-babel-map-executables): Replace gensym with make-symbol.

doc timestamp for diary-style sexp entries

org.html: Initialize `html-pre-real-contents' correctly.

* org-html.el (org-export-as-html): Initialize
`html-pre-real-contents' correctly.

Thanks to Bill Jackson for this fix.

removed dependency on deprecated swank-clojure

* lisp/ob-clojure.el (org-babel-execute:clojure): Removed dependency
  on deprecated swank-clojure.

fix whole-buffer evaluation order and symbol intrusion in related macros

* lisp/ob.el (org-babel-map-src-blocks): Don't pollute symbol space.
  (org-babel-map-inline-src-blocks): Don't pollute symbol space.
  (org-babel-map-call-lines): Don't pollute symbol space.
  (org-babel-map-executables): Map over *all* executable Org-mode
  elements.
  (org-babel-execute-buffer): Execute elements in buffer order instead
  of arbitrarily.

C-c C-c renumbers ordered lists again

* lisp/org.el (org-ctrl-c-ctrl-c): Fix a naive structure backup.
  Those must be done with `copy-tree'.

Thanks to Anthony Lander for reporting it.

Docfix: using `org-sort' with a double prefix doesn't delete duplicates.

Thanks to Paweł Menich for spotting this.

Referenced code block should not be evaluated on code block edit

* lisp/org-src.el (org-edit-src-code): Referenced code block should
  not be evaluated on code block edit.

* doc/org.texi: #+RESULTS now user-configurable

default to all-caps #+RESULTS: for code-block generated content

* lisp/ob.el (org-babel-results-keyword): New user-configurable
  results keyword.
  (org-babel-where-is-src-block-result): Use new user-configurable
  results keyword.

org-indent: Handle indentation change with headline manual insertion

* lisp/org-indent.el (org-indent-refresh-maybe): Check for new
  headlines from the beginning of the line to be sure to catch
  any newly inserted headline there.

fix bug in property list updates

* lisp/org.el (org-update-property-plist): Fix bug in property list
  updates.

* doc/org.texi: Edit :noweb no header argument for correctness

* doc/org.texi: :results wrap produces a drawer instead of a begin_results block

only the last value for any specific property is kept

* lisp/org.el (org-update-property-plist): Remove old instances of
  property when adding a new value for property.

Fix to test-org-babel/org-babel-get-inline-src-block-matches. * testing/lisp/test-ob.el: Character position offset -=2 to account for removal of trailing spaces

Bug fix in ob-emacs-lisp.el.

* lisp/ob-emacs-lisp.el: A comment on the last line of an emacs-lisp
code block would cause an error when the block is was executed. This
fix cures this behaviour.

* testing/lisp/test-ob-emacs-lisp.el:  Regression tests for the above
  fix.

resurrect dropped pieces of a previous patch

* lisp/ob.el (org-babel-expand-noweb-references): Resurrect dropped
  pieces of a previous patch.

fix compiler warning in ob-maxima.el

* lisp/ob-maxima.el (org-babel-execute:maxima): Fix compiler warning.

add Maxima to the Makefile

* Makefile (LISPF): Add Maxima.

fixed bug in org-babel-balanced-split when run on Emacs22

 Thanks to Martyn Jago for the test case

* lisp/ob.el (org-babel-balanced-split): Explicit checking if list
  before calling member.
* testing/lisp/test-ob.el (test-ob/org-babel-balanced-split): Testing
  the new Emacs22-proof behavior.

Release 7.8.03

Merge branch 'master' into maint

documentation of *org-babel-use-quick-and-dirty-noweb-expansion*

* doc/org.texi (Noweb reference syntax): Adding documentation of
  the *org-babel-use-quick-and-dirty-noweb-expansion* variable.

Add a note about :noweb-ref.

Thanks to Tomas Grigera for a preliminary patch.

More small fixes on `C-u C-c C-c' and checkboxes.

* org.el (org-ctrl-c-ctrl-c): Preserve symmetry when adding
and removing checkboxes with `C-u C-c C-c' on the first item
of a list.  Also, don't reinitialize checkboxes that are
already ticked.

Thanks to Nicolas Goaziou for these fixes.

Revert "Fix problem with `org-ctrl-c-ctrl-c' on the checkbox of the first item."

This reverts commit 4789bb5a79f004346c37e3a84d12f90ada24d277.

Be a bit more flexible when matching time values in timestamps.

* org.el (org-ts-regexp0, org-ts-regexp1): Also match a time
value with only one digit for the hours.

Thanks to François Pinard for mentioning this.

Document the new behavior of `C-u C-c C-c' on checkboxes.

* org.texi (Checkboxes): Document the new behavior of `C-u C-c
C-c' on checkboxes.

Fix problem with `org-ctrl-c-ctrl-c' on the checkbox of the first item.

* org.el (org-ctrl-c-ctrl-c): Don't make `C-c C-c' special
when ticking the checkbox of the first item.

org-list: Change behaviour of C-c C-c at a list item with an argument

* lisp/org-list.el (org-list-write-struct): Add an optional argument
  for structure changes happening outside the function.
* lisp/org.el (org-ctrl-c-ctrl-c): Now, C-u C-c C-c on the first item
  of a sub-list should toggle check-box presence of every item in the
  same sub-list.  Also fix check-box insertion on a single item.

Make Org work with bbdb 3.0

* lisp/org-bbdb.el (org-bbdb-old): New variable.
(org-bbdb-store-link):
(org-bbdb-open): Check for `org-bbdb-old'.
(org-bbdb-open-old):
(org-bbdb-open-new): New functions.

Patch by Ivan Kanis

org-agenda.el: Small code cleanup.

* org-agenda.el (org-batch-agenda, org-batch-agenda-csv):
Remove deleted function `org-encode-for-stdout'.

org.el (org-show-context): Complete docstring.

* org.el (org-show-context): Complete docstring.

Thanks to Michael Heerdegen for mentioning this.

org-agenda.el: Use `read-char-exclusive' instead of `read-char'.

* org-agenda.el (org-agenda-filter-by-tag): Use
`read-char-exclusive' instead of `read-char'.

Fix bug in mapper function

* lisp/org.el (org-scan-tags): Make sure org-map-continue-from is nil
at each match

Fix clock regexps

* lisp/org-clock.el (org-clock-in):
(org-clock-find-position): Remove erraneous space in regexp

Patch by Joe Vornehm Jr.

TINYCHANGE

Fix tiny typos.

Those have been fixed by Paul Eggert in Emacs first.

Fix typos.

Fixes already done in Emacs by Paul Eggert.

Resolve :noweb-ref when set at the property level during noweb expansion

* lisp/ob.el (org-babel-expand-noweb-references): Rather than using a
  pure regexp solution to resolve noweb references, actually check the
  information of every code block in the buffer.  This will cause a
  slowdown in noweb reference expansion, but is necessary for correct
  behavior.

org.el (org-map-continue-from): Fix typo in docstring.

* org.el (org-map-continue-from): Fix typo in docstring.

OrgOdtContentTemplate.xml: table-cells are now top aligned by default

* etc/styles/OrgOdtContentTemplate.xml (OrgTblCell): Modify
style:vertical-align attribute to top.
(OrgTblCell*): Inherit from OrgTblCell.
(Custom*TableCell): Force style:vertical-align to top.

See http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-orgmode/2011-12/msg00780.html

org-drill.el: fix a few wrong :type spec.

* org-drill.el (org-drill-leech-method, org-drill-scope)
(org-drill-spaced-repetition-algorithm): Fix wrong :type spec.

Thanks to Joost Kremers for spotting this.

org.el: Also match cumulating properties like ":prop+:".

* org.el (org-property-re): Also match cumulating properties
like ":prop+:".

Thanks to Christoph LANGE for spotting this.

org-mouse.el: Remove useless commented functions.

org.texi: Split the table to fix the display of items.

* org.texi (Plain lists): Split the table to fix the display
of items.

Thanks to Elias Assarsson for spotting this, and to Takaaki
ISHIKAWA for providing a preliminary patch.

Use CD@LaTeX{} instead of CDLa@TeX.

Normalize the use of @LaTeX{} in the Org compact guide.

org.texi: Normalize the use of @LaTeX{} in the manual.

Thanks to Elias Assarsson for mentioning this problem.

org-odt.el: Declare vars and functions from htmlfontify

org-odt.el (org-odt-styles-dir): It is etc/org/ under vanilla Emacs

* org-odt.el (org-odt-styles-dir): Assume that the styles
files are located under `data-directory' of Emacs distribution
as etc/org/OrgOdtStyles.xml and
etc/org/OrgOdtContentTemplate.xml.  Also update docstring.
(org-export-odt-schema-dir): Update docstring.

org-odt.el: Honor author. timestamp and email options in preamble

* org-odt.el (org-odt-format-preamble): Honor following user
options: author, timestamp and email.  See

http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-orgmode/2011-12/msg00539.html

org-exp-blocks.el: Fix regexp for matching the end of a block.

* org-exp-blocks.el (org-export-blocks-preprocess): Fix regexp
for matching the end of a block.

Thanks to Robert Lupton the Good for reporting this and to Nick
Dokos for digging the issue further.

org.texi (Plain lists): Fix misplaced explantion.

* org.texi (Plain lists): Fix misplaced explantion.

Thanks to Takaaki ISHIKAWA for spotting this and for
a patch to this effect.

Escape link path only if path contains space or non-ascii character

* org.el (org-open-at-point): Escape link path for http:, https:,
ftp:, news:, and doi: links only if the path contains space or
non-ascii character.

This should take care of mistakenly double-escaped links as reported
by Jeff Horn in <http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/48731>.

We are just guessing here and push the responsibility for proper
escaping to the target application.

* org.texi (Plain lists, Agenda files): Add index entries.