Hide .orgx files and use theindex.org directly.

Deleting .orgx files is an error -- thanks to Carsten for pointing
at this.  Instead, we "hide" them by using dotted files: .file.orgx.

Also, use theindex.org directly instead of including theindex.inc in
theindex.org.  This prevents a bug about republication of theindex.org
being skipped because the file has not been updated.

* org-publish.el (org-publish-index-generate-theindex): rename
from `org-publish-index-generate-theindex.inc'.  Use the file
theindex.org directly instead of including theindex.inc.
(org-publish-projects): Don't delete .orgx files.
(org-publish-aux-preprocess): Use .file.orgx.

org-archive: delete trailing whitespaces.

org.texi: mention 'region as a possible scope for `org-map-entries'.

* org.texi (Using the mapping API): mention 'region as a
possible scope for `org-map-entries'.

org.el: (org-map-entries): Allow SCOPE to be the active region.

Manually revert 366254217ac6faea20a5d43fae065bd028806eab.

As David Maus pointed out, the implementation is not good.

* org.el (org-deadline, org-schedule): Don't loop.
(org-loop-over-siblings-within-active-region-p): Remove.
* org-archive.el (org-archive-subtree)
(org-archive-to-archive-sibling, org-toggle-archive-tag):
Don't loop.

* org-macs.el (org-loop-over-siblings-in-active-region):
Remove.

Make `org-extend-today-until' variable affect log notes, and CLOSED: line.

(org-done-yesterday), (org-agenda-done-yesterday): new functions

org-html: put the title back in the content div.

This is needed for the HTML file to interact correctly with
org-info.js.  On the long term, the title should be part of
the preamble, but this requires work on org-info.js.

* org-html.el (org-export-html-preamble-format): New default
for the HTML preamble: don't include the title.  Also improve
the docstring.
(org-export-html-postamble-format): Improve the docstring.
(org-export-as-html): Add the title within the "content" div.
This is necessary for interaction with the org-info.js script.

Table editor: Display coordinates of current field

* lisp/org-table.el (org-table-edit-field): Display field coordinates.

(org-agenda-set-effort): Refresh changed lines

(org-agenda-change-all-lines): Change to item's buffer and use original column format that item was generated with

Fix error with %e agenda prefix format when there is no effort set

org-odt: Emit OD compatible date string in the default case

* contrib/lisp/org-odt.el (org-odt-format-date): New
(org-odt-update-meta-file): Use the above routine

Knocks off an error reported by
http://tools.services.openoffice.org/odfvalidator/

org-odt: Include mimetype in the exported odt file

* contrib/lisp/org-odt.el (org-export-odt-save-list): Add the
file "mimetype".
(org-odt-init-outfile): Write contents of "mimetype".
(org-odt-save-as-outfile): Include "mimetype" file in the
exported file.
(org-export-odt-mimetype-lines): Removed.

This change knocks of an error while validating against
http://tools.services.openoffice.org/odfvalidator/.

org-publish: delete .orgx and temporary buffers.

Also add the org- prefix to some variable.

* org-publish.el (org-publish-find-title): bugfix: kill
buffers unless they were already visited.
(org-sitemap-sort-files, org-sitemap-sort-folders)
(org-sitemap-ignore-case, org-sitemap-requested)
(org-sitemap-date-format, org-sitemap-file-entry-format): use
a correct prefix.
(org-publish-projects): Make sure to delete .orgx files.
(org-publish-index-generate-theindex.inc): Small docstring
fix.

contrib/lisp/org-depend.el: delete trailing whitespaces.

Add chain-find-next trigger option.

org-table: new defcustom `org-table-duration-custom-format'.

This allows to display the output of duration computations
as a fraction of days, hours, minutes or seconds.

Thanks to Daniel E. Doherty for bringing up this need.

* org-table.el (org-table-duration-custom-format): New
defcustom to select output format of durations computations.
(org-table-time-seconds-to-string): Use the new variable.
(org-table-eval-formula): Allow `t' as a flag, on top of `T'.
`t' will use the custom output format defined in
`org-table-duration-custom-format.

org-list: fix a small error when guessing blank lines before items

* lisp/org-list.el: search blank lines down to the end of the item
  instead of stopping at the item, in order to possibly match such
  lines within the item.

org-mac-ical: Update for MacOSX Lion

org-latex: allow `org-export-latex-href-format' to have only one "%s"

This is useful when you want to use \url{link} instead of the default
\href{link}{path}.

Thanks to Henri-Paul Indiogine for bringing this up.

* org-latex.el (org-export-latex-href-format): docstring fix
to reflect the fact that you can use only one "%s".
(org-export-latex-links): allow `org-export-latex-href-format'
to have only one "%s".

Add key and documentation for `org-copy-visible'.

* lisp/org.el (org-org-menu): Add `org-copy-visible' to the menu.
* doc/org.texi (Visibility cycling): Document `org-copy-visible'.
* doc/orgcard.tex: Document `org-copy-visible'.

Add `org-copy-visible' command proposed by Florian Beck

* lisp/org.el (org-copy-visible): New command.

org-capture: Fix order of template sequences.

* org-capture.el (org-capture-templates): docstring fix.
* org.texi (Template expansion): order template sequences in
the proper order.

Thanks to Philipp Möller for this fix.

adding a function for inspecting code block information e.g., header arguments

* lisp/ob.el (org-babel-view-src-block-info): New function to inspect code blocks.
* lisp/ob-keys.el (org-babel-key-bindings): Key bindings for org-babel-view-src-block-info.
* doc/orgcard.tex: Documentation of new Babel function.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-exp: Handle recursively included setup files correctly.

* org-exp.el (org-infile-export-plist): Handle recursively
included setup files.  The value of the last included file
always takes precedence over previous values.

Thanks to Stefan Vollmar for signaling this bug.

Keep point in the same category when updating a time-stamp

* lisp/org.el (org-timestamp-change): keep point in the same category
  when updating a time-stamp. This requires to be careful, as,
  depending on the locale, name of day might change of length during
  the process.

org-footnote: fix bug when inserting a footnote in a non-Org buffer

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-create-definition): when skipping
  already written footnotes definition, the algorithme would assume
  each one was only one-line long.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-table: fix another bug in duration computation.

* org-table.el (org-table-eval-formula): Fix bug when a
formula "range" is just one cell.
(org-table-time-string-to-seconds): don't check whether
we manipulate a string.

Awk can be called with no in-file: and no :stdin

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

Fix handling of duration for complex range formulas.

Thanks to Christian Moe for signaling this bug.

Do not add an extraneous blank lines when parsing lists

* lisp/org-exp.el (org-export-mark-list-end,
  org-export-mark-list-properties): don't remove the ending regexp
  when it consists in blank lines.
* lisp/org-list.el (org-list-parse-list): ditto, but remove it
  completely when it isn't made of blank lines (i.e. during export process).

org.texi: small update on durations computation.

org-table: use HH:MM:SS as the standard display of durations.

(org-table-time-seconds-to-string): Uniformize the display of
durations, always return HH:MM:SS.  Also display negative time
correctly.

(org-table-time-string-to-seconds): also match negative time values.

org-table: match either HH:MM:SS or HH:MM (instead of MM:SS).

* org-table.el (org-table-time-string-to-seconds): match
either HH:MM:SS or HH:MM (instead of MM:SS).

Thanks to Gustav Wikström for suggesting this change.

org: allow relative time in `org-add-planning-info'.

(org-deadline, org-schedule): Improve docstrings.
(org-add-planning-info): Allow relative time like "-2d" or
"++2w" for the TIME argument.

The user can now call `org-schedule' and `org-deadline'
and use "+1d" to say that the task must be scheduled one
day later than today, or "++1d" to say that the task must
be scheduled one day later than the current SCHEDULED date,
if any.

This also works in agenda: you can select several entries
and reschedule them to +2d.

Thanks to Memnon Anon for insisting an finding a solution
for this!

org-agenda: fix two minor docstring typos.

org.el: tiny typo in docstring.

New hook `org-ctrl-c-ctrl-c-final-hook'.

* org.el (org-ctrl-c-ctrl-c-final-hook): New hook to be run
when `org-ctrl-c-ctrl-c' cannot do anything useful in the
given context.

Thanks to Paul Sexton for this idea.

org-html: add divs for pre/postamble defined in a new variable.

`org-export-html-divs' contains '("preamble" "content" "postamble")
and is used to define the <div "%s"> for this parts of the HTML file.

This commit also obsolete some variables that are not useful anymore
as the file time-stamp can (should) be inserted through the postamble
or the preamble instead.

Thanks to Sébastian Vauban for a preliminary version of this patch!

* org-html.el (org-export-html-with-timestamp)
(org-export-html-html-helper-timestamp): These are obsolete
variables as of Org version 7.7 as you can already export the
timestamp from the preamble or the postamble.
(org-export-html-before-content-div): Delete variable.
(org-export-html-content-div): obsolete variable as of 7.7.
(org-export-html-divs): New variable to define divs used in
HTML export.
(org-export-as-html): Now the preamble and the postamble are
surrounded by a <div ...>.  The name of the div is defined
through `org-export-html-divs'.

org-exp-blocks: minor fix: use <br/> instead of </br>.

org-table: Throw an error when replacing invalid references.

* org-table.el (org-table-eval-formula): Throw an error when
trying to replace complex range with invalid references.

Thanks to Ken Williams for pointing this out.

org-macs: macro `org-with-limited-levels' also sets `outline-regexp'

* lisp/org-macs.el (org-with-limited-levels): some functions, like
  `org-back-to-heading', being deeply based on outline-mode, still
  refer to `outline-regexp' instead of `org-outline-regexp'.

org-odt: Check for zip early during export

* contrib/lisp/org-odt.el (org-odt-init-outfile): Abort export
if zip utility is not available.

org-odt: Improve customization of org-export-odt-styles-file

* contrib/lisp/org-odt.el (org-odt-data-dir)
(org-export-odt-automatic-styles-file): Update docstring.
(org-export-odt-use-bookmarks-for-internal-links): Update
docstring. Improve customization interface.

org.el: remove one trailing whitespace.

org-refile: exclude current (sub)heading(s) even if they start with a TODO keyword.

(org-get-heading): New optional argument to return heading
with no TODO keyword.
(org-refile-get-location): Use this new argument.

org-refile: exclude current heading and subheadings from targets

* org.el (org-refile-get-targets): new optional argument
`excluded-entries' to exclude entries from the targets.
(org-refile-get-location): From an org-mode buffer, exclude
current heading and subheadings from the list of targets when
org-refile-use-cache is nil.

Also remove some trailing whitespaces.

Thanks to Jason Dunsmore for this idea.

Revert "Fix bug with TODO states changes modifying scheduling of next headline"

This reverts commit fd0f8e10d1d3a339da9460d6c71283e85897c455.

Fix small mistake

* lisp/org.el (org-imenu-get-tree): note to self: headlines start at bol.

fixed self-proclaimed file name in ob-maxima

* lisp/ob-maxima.el: Fixed self-proclaimed file name.

ob: only call copy-seq on proper lists

* lisp/ob.el (org-babel-sha1-hash): Only call copy-seq on proper
  lists.

Fix archiving bug introduced by last commit

* lisp/org.el (org-kill-is-subtree-p): matched string needs to start
  at bol.

Remove inline tasks from subtrees yanking

* lisp/org.el (org-paste-subtree, org-kill-is-subtree-p,
  org-yank-folding-would-swallow-text, org-yank-generic): use
  `org-with-limited-levels' macro.

org-macs: org-with-limited-levels also change org-outline-regexp-at-bol

* lisp/org-macs.el (org-with-limited-levels): also modify, when
  appropriate, `org-outline-regexp-at-bol'

Revert "org.el: exclude current heading from the refile table."

This reverts commit 651a537e49495b283602d7ef8979d364ef8dfbf9.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-agenda.el (org-agenda-prefix-format): improve docstring.

Thanks to Tassilo for pointing at this.

Fix bug with TODO states changes modifying scheduling of next headline

* lisp/org.el (org-timestamp-change): some locales don't use the same
  length for date abbreviations. Set a marker at origin in case length
  of new timestamp is different.

Thanks to Tom for analyzing this.

ob-fortran.el: fix bug with string input, add ob-fortran tests with ert

org-odt: Use lang specific value for "Table Of Contents"

* contrib/lisp/org-odt.el (org-odt-begin-toc): Use lang
specific value for "Table Of Contents".

org-odt: Simplify org-odt-format-org-entity

* contrib/lisp/org-odt.el (org-odt-format-org-entity):
Simplify.  Component xml files in odt document are always
utf-8 encoded. As a result, emitting of numeric character
references based on utf-8 value is superfluous.

org-lparse: Update docstring of org-lparse-debug

* contrib/lisp/org-lparse.el (org-lparse-debug): Improve
docstring.

Avoid getting inline tasks when using imenu

* lisp/org.el (org-imenu-get-tree): browse only true headlines.

org-archive: error when buffer isn't visiting a file

* lisp/org-archive.el (org-archive-subtree): while it might be
  possible to archive an headline of a temporary buffer (i.e. not
  visiting a file), it wouldn't be really sensical.

org-archive: fix archiving from an indirect buffer

* lisp/org-archive.el (org-extract-archive-file,
  org-extract-archive-heading, org-archive-subtree): buffer-file-name
  is nil in an indirect buffer. Thus,
  use (buffer-file-name (buffer-base-buffer)), which will, in any
  case, return the file-name.

Thanks to Ilya Shlyakhter for reporting and analyzing this.

org.texi: minor typo.

Revert "org-capture: require dired since org-capture might use `dired-buffers'"

This reverts commit f3e563476b452f297bf1b0e466b0b75fb9bb7a23.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

Make sure :html-pre/postamble can insert the output of a custom function.

This function must have no argument and must output a string to be inserted
in the HTML export.

Thanks to Sander Boer for pointing at this.

org-capture: require dired since org-capture might use `dired-buffers'

org-capture: fix error with %F and dired not loaded

* lisp/org-capture.el (org-capture): if dired isn't loaded,
  `dired-buffers' isn't defined, and %F will fail.

Thanks to Puneeth Chaganti for reporting this.

ob-java: don't create empty package directories

* lisp/ob-java.el (org-babel-execute:java): Don't create empty package
  directories.

ob: replaced call to defunct function `org-babel-result-hash'

* lisp/ob.el (org-babel-execute-src-block): Replaced call to defunct
  function `org-babel-result-hash'.

Fix documentation typo

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-footnote: in Message mode, do not allow footnotes in headers

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-in-valid-context-p): avoid cited
  lines and headers in message-mode.
(org-footnote-at-reference-p): remove check for cited lines, this is
now handled by the previous function. Refactor.

org-agenda.el (org-agenda-bulk-custom-functions): minor docstring fix.

org.el: (org-do-emphasis-faces): docstring fix.

Added documentation for the extended %F capture template element

org-capture: %F is directory when capture starts in a dired buffer

* lisp/org-capture.el (org-capture): if no file is associated to
  current buffer, check dired buffer and try to retreive a possibly
  directory associated.

org.el (org-outline-regexp): Turn into a defvar.

`org-outline-regexp' ought to be a defconst but is let-binded
in some places -- e.g. see the macro `org-with-limited-levels'
and this produces misleading warnings.

Thanks to Matthew Sauer for reporting this.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

New experimental exporter from Org to MoinMoin by Puneeth Chaganti.

Thanks to Puneeth Chaganti for this contribution!

ob-exp: on export resolve hashes in the current (not original) file buffer

* lisp/ob-exp.el (org-babel-exp-results): Resolve hashes in the
  current (not original) file buffer.
* lisp/ob.el (org-babel-current-result-hash): More informative name,
  and remove useless optional argument.

moving ob-fortran from core to contrib until FSF assignment is complete

org.el: exclude current heading from the refile table.

* org.el (org-refile-get-location): exclude current heading
from the refile table.

Thanks to Jason Dunsmore for this idea.

org-footnote: add more checks to avoid false-positives

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-at-reference-p): test if match is
  in cited text, when replying to a message.
(org-footnote-new): do not create a new footnote at bol, as it might
be seen as a definition.
(org-footnote-at-definition-p): ignore definitions in forbidden
blocks, as it is already the case for references.

moving ob-fortran into core, and cleaning up the code

Add fortran to babel

Fix argument to org-toggle-tag.

* lisp/org-bibtex.el: (org-bibtex-create, org-bibtex-write): Change
  argument of org-toggle-tag to 'on. (Other arguments, e.g., t, have
  no effect).

org-bibtex: don't let trimming turn nils into empty strings

* lisp/org-bibtex.el (org-bibtex-get): Don't let trimming turn nils
  into empty strings.

Fix (a lot of) compiler warnings.

Also introduce `org-pop-to-buffer-same-window' as a compatibility
function for Emacs =>24.1.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

Use `org-loop-over-siblings-in-active-region' for `org-archive-set-tag'.

ob-java: minimal support for evaluation of java code blocks

Comment some code for posterity