org-contrib/babel/examples/foo.org.html

   1 <?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
   2 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.1//EN"
   3 "http://www.w3.org/TR/xhtml11/DTD/xhtml11.dtd">
   4 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
   5   <head>
   6     <title>foo.org</title>
   7 <meta name="generator" content="emacs 23.2.1; htmlfontify 0.21" />
   8 <style type="text/css"><!--
   9 body { font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  color: #e6e1dc;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  10 span.default   { font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  color: #e6e1dc;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  11 span.default a { font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  color: #e6e1dc;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  12 span.org-footnote   { color: #00ffff;  text-decoration: underline;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt; }
  13 span.org-footnote a { color: #00ffff;  text-decoration: underline;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt; }
  14 span.org-link   { color: #00ffff;  text-decoration: underline;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt; }
  15 span.org-link a { color: #00ffff;  text-decoration: underline;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt; }
  16 span.org-code   { color: #b3b3b3;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  17 span.org-code a { color: #b3b3b3;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  18 span.italic   { font-style: italic;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  color: #e6e1dc;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  19 span.italic a { font-style: italic;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  color: #e6e1dc;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  20 span.org-block   { color: #b3b3b3;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  21 span.org-block a { color: #b3b3b3;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  22 span.comment   { color: #bc9458;  font-style: italic;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  23 span.comment a { color: #bc9458;  font-style: italic;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  24 span.org-meta-line   { color: #bc9458;  font-style: italic;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  25 span.org-meta-line a { color: #bc9458;  font-style: italic;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  26 span.org-document-info   { color: #afeeee;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  27 span.org-document-info a { color: #afeeee;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-weight: 500;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  28 span.org-document-title   { color: #bc9458;  font-weight: 700;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  29 span.org-document-title a { color: #bc9458;  font-weight: 700;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  30 span.org-document-info-keyword   { color: #bc9458;  font-weight: 700;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: none; }
  31 span.org-document-info-keyword a { color: #bc9458;  font-weight: 700;  font-family: DejaVu Sans Mono;  font-stretch: normal;  font-style: normal;  background: #232323;  font-size: 8pt;  text-decoration: underline; }
  32  --></style>
  33
  34     <script type="text/javascript"><!--
  35   // this function is needed to work around
  36   // a bug in IE related to element attributes
  37   function hasClass(obj)
  38   {
  39       var result = false;
  40       if (obj.getAttributeNode("class") != null)
  41       {
  42           result = obj.getAttributeNode("class").value;
  43       }
  44       return result;
  45   }
  46
  47   function stripe(id)
  48   {
  49       // the flag we'll use to keep track of
  50       // whether the current row is odd or even
  51       var even = false;
  52
  53       // if arguments are provided to specify the colors
  54       // of the even & odd rows, then use the them;
  55       // otherwise use the following defaults:
  56       var evenColor = arguments[1] ? arguments[1] : "#fff";
  57       var oddColor  = arguments[2] ? arguments[2] : "#ddd";
  58
  59       // obtain a reference to the desired table
  60       // if no such table exists, abort
  61       var table = document.getElementById(id);
  62       if (! table) { return; }
  63
  64       // by definition, tables can have more than one tbody
  65       // element, so we'll have to get the list of child
  66       // &lt;tbody&gt;s
  67       var tbodies = table.getElementsByTagName("tbody");
  68
  69       // and iterate through them...
  70       for (var h = 0; h < tbodies.length; h++)
  71       {
  72           // find all the &lt;tr&gt; elements...
  73           var trs = tbodies[h].getElementsByTagName("tr");
  74
  75           // ... and iterate through them
  76           for (var i = 0; i < trs.length; i++)
  77           {
  78               // avoid rows that have a class attribute
  79               // or backgroundColor style
  80               if (! hasClass(trs[i]) &&
  81                   ! trs[i].style.backgroundColor)
  82               {
  83                   // get all the cells in this row...
  84                   var tds = trs[i].getElementsByTagName("td");
  85
  86                   // and iterate through them...
  87                   for (var j = 0; j < tds.length; j++)
  88                   {
  89                       var mytd = tds[j];
  90
  91                       // avoid cells that have a class attribute
  92                       // or backgroundColor style
  93                       if (! hasClass(mytd) &&
  94                           ! mytd.style.backgroundColor)
  95                       {
  96                           mytd.style.backgroundColor =
  97                             even ? evenColor : oddColor;
  98                       }
  99                   }
 100               }
 101               // flip from odd to even, or vice-versa
 102               even =  ! even;
 103           }
 104       }
 105   }
 106
 107   function toggle_invis( name )
 108   {
 109       var filter =
 110         { acceptNode:
 111           function( node )
 112           { var classname = node.id;
 113             if( classname )
 114             { var classbase = classname.substr( 0, name.length );
 115               if( classbase == name ) { return NodeFilter.FILTER_ACCEPT; } }
 116             return NodeFilter.FILTER_SKIP; } };
 117       var walker = document.createTreeWalker( document.body           ,
 118                                               NodeFilter.SHOW_ELEMENT ,
 119                                               filter                  ,
 120                                               false                   );
 121       while( walker.nextNode() )
 122       {
 123           var e = walker.currentNode;
 124           if( e.style.display == "none" ) { e.style.display = "inline"; }
 125           else                            { e.style.display = "none";   }
 126       }
 127   }
 128 --> </script>
 129   </head>
 130   <body onload="stripe('index'); return true;">
 131
 132 <pre><span class="org-document-info-keyword" id="nil-1">#+TITLE:</span><span class="org-document-title" id="nil-9"> An Org-mode Demo</span>
 133 <span class="org-document-info-keyword" id="nil-27">#+AUTHOR:</span><span class="org-document-info" id="nil-36"> Eric Schulte</span>
 134 <span class="org-meta-line" id="nil-50">#+OPTIONS: num:nil ^:nil f:nil</span>
 135 <span class="org-meta-line" id="nil-81">#+LATEX_HEADER: \usepackage{amscd}</span>
 136 <span class="org-meta-line" id="nil-116">#+STARTUP: hideblocks</span>
 137 <span class="org-meta-line" id="nil-138">#+BABEL: :session </span><span class="org-meta-line" id="nil-156">*R</span><span class="org-meta-line" id="nil-158">*</span><span class="org-meta-line" id="nil-159"> </span><span class="org-meta-line" id="nil-160">:results silent</span>
 138
 139 <span class="comment" id="nil-177"># some minor customization for nicer looking LaTeX output</span>
 140 <span class="org-meta-line" id="nil-235">#+begin_LaTeX
 141 </span><span class="org-block" id="nil-249">  \hypersetup{
 142     linkcolor=blue,
 143     pdfborder={0 0 0 0}
 144   }
 145   \lstset{basicstyle=\ttfamily\bfseries\small}</span><span class="org-meta-line" id="nil-358">
 146 #+end_LaTeX</span>
 147
 148 <span class="org-meta-line" id="nil-372">#+begin_center
 149 </span>  Adapted from <span class="italic" id="nil-402">/</span><span onclick="toggle_invis('invisible-403-454');">…</span><span class="italic" id="invisible-403-454-403">[[http://www.stat.umn.edu/~charlie/Sweave/foo.Rnw]</span><span class="italic" id="invisible-403-454-453">[</span><span class="italic" id="nil-454">A</span><span class="italic" id="nil-455">n</span><span class="italic" id="nil-456"> Sweave Dem</span><span class="italic" id="nil-467">o</span><span onclick="toggle_invis('invisible-468-470');">…</span><span class="italic" id="invisible-468-470-468">]</span><span class="italic" id="invisible-468-470-469">]</span><span class="italic" id="nil-470">/</span> by Charles J. Geyer.<span class="org-meta-line" id="nil-492">
 150 #+end_center</span>
 151
 152 This is a demo for using Org-babel to produce LaTeX documents with
 153 embedded R code.  To get started fire up Emacs and create a text file
 154 with the <span class="org-code" id="nil-653">=.org=</span> suffix.  You should see Org-mode become your major
 155 mode -- denoted by <span class="org-code" id="nil-730">=Org=</span> in your status bar.
 156
 157 Press <span class="org-code" id="nil-763">=C-c C-e=</span> while viewing this Org-mode buffer and you will see a
 158 menu appear with options for export to a variety target formats --
 159 herein we'll only consider export to LaTeX.
 160
 161 So now we have a more complicated file chain
 162 $$
 163 \begin{CD}
 164    \texttt{foo.org}
 165    @&gt;\texttt{Sweave}&gt;&gt;
 166    \texttt{foo.tex}
 167    @&gt;\texttt{latex}&gt;&gt;
 168    \texttt{foo.dvi}
 169    @&gt;\texttt{xdvi}&gt;&gt;
 170    \text{view of document}
 171 \end{CD}
 172 $$
 173 and what have we accomplished other than making it twice as annoying
 174 as the WYSIWYG crows (having to use both <span class="org-code" id="nil-1273">=Org-mode=</span> and <span class="org-code" id="nil-1288">=latex=</span> to get
 175 anything that looks like the document)?
 176
 177 Well, we can now include <span class="org-code" id="nil-1369">=R=</span> in our document.  Here's a simple example
 178 <span class="org-meta-line" id="nil-1415">#+begin_src R :exports both
 179 </span><span class="org-block" id="nil-1443">  2 + 2</span><span class="org-meta-line" id="nil-1450">
 180 #+end_src</span>
 181 What I actually typed in <span class="org-code" id="nil-1486">=foo.org=</span> was
 182 <span class="org-code" id="nil-1500">: #+begin_src R :exports both
 183 :   2 + 2
 184 : #+end_src
 185 </span>
 186 This is a &quot;code block&quot; to be processed by Org-babel.  When Org-babel
 187 hits such a thing, it processes it, runs R to get the results, and
 188 stuffs the output in the LaTeX file it is creating.  The LaTeX between
 189 code chunks is copied verbatim (except for in-line src code, about
 190 which see below).  Hence to create a <span class="italic" id="nil-1864">/active/</span> document you just write
 191 plain old text interspersed with &quot;code blocks&quot; which are plain old R.
 192
 193 <span class="org-meta-line" id="nil-1968">#+LaTeX:</span><span class="org-block" id="nil-1976"> \pagebreak</span><span class="org-block" id="nil-1987">[3</span><span class="org-block" id="nil-1989">]</span>
 194
 195 Plots get a little more complicated.  First we make something to plot
 196 (simulated regression data).
 197 <span class="org-meta-line" id="nil-2091">#+source: reg</span>
 198 <span class="org-meta-line" id="nil-2105">#+begin_src R :results output :exports both
 199 </span><span class="org-block" id="nil-2149">  n &lt;- 50
 200   x &lt;- seq(1, n)
 201   a.true &lt;- 3
 202   b.true &lt;- 1.5
 203   y.true &lt;- a.true + b.true </span><span class="org-block" id="nil-2234">* </span><span class="org-block" id="nil-2236">x
 204   s.true &lt;- 17.3
 205   y &lt;- y.true + s.true </span><span class="org-block" id="nil-2278">* </span><span class="org-block" id="nil-2280">rnorm(n)
 206   out1 &lt;- lm(y ~ x)
 207   summary(out1)</span><span class="org-meta-line" id="nil-2324">
 208 #+end_src</span>
 209 (for once we won't show the code chunk itself, look at <span class="org-code" id="nil-2390">=foo.org=</span> if
 210 you want to see what the actual code chunk was).
 211
 212 Figure \ref{fig:one} (p. \pageref{fig:one}) is produced by the following code
 213 <span class="org-meta-line" id="nil-2531">#+srcname: fig1plot</span>
 214 <span class="org-meta-line" id="nil-2551">#+begin_src R :exports code
 215 </span><span class="org-block" id="nil-2579">  plot(x, y)
 216   abline(out1)</span><span class="org-meta-line" id="nil-2606">
 217 #+end_src</span>
 218 Note that <span class="org-code" id="nil-2627">=x=</span>, <span class="org-code" id="nil-2632">=y=</span>, and <span class="org-code" id="nil-2641">=out1=</span> are remembered from the preceding code
 219 chunk.  We don't have to regenerate them.  All code chunks are part of
 220 one R &quot;session&quot;.
 221 <span class="org-meta-line" id="nil-2775">#+source: fig1</span>
 222 <span class="org-meta-line" id="nil-2790">#+begin_src R :exports results :noweb yes :file fig1.pdf
 223 </span><span class="org-block" id="nil-2847">  &lt;&lt;fig1plot&gt;&gt;</span><span class="org-meta-line" id="nil-2861">
 224 #+end_src</span>
 225
 226 <span class="org-meta-line" id="nil-2873">#+attr_latex: width=0.8\textwidth,placement=[p]</span>
 227 <span class="org-meta-line" id="nil-2921">#+label: fig:one</span>
 228 <span class="org-meta-line" id="nil-2938">#+caption: Scatter Plot with Regression Line</span>
 229 <span class="org-meta-line" id="nil-2983">#+results: fig1</span>
 230 <span onclick="toggle_invis('invisible-2999-3001');">…</span><span class="org-link" id="invisible-2999-3001-2999">[</span><span class="org-link" id="invisible-2999-3001-3000">[</span><span class="org-link" id="nil-3001">file:fig1.pd</span><span class="org-link" id="nil-3013">f</span><span onclick="toggle_invis('invisible-3014-3016');">…</span><span class="org-link" id="invisible-3014-3016-3014">]</span><span class="org-link" id="invisible-3014-3016-3015">]</span>
 231
 232 Now this was a little tricky.  We did this with two code chunks,
 233 one visible and one invisible.  First we did
 234 <span class="org-code" id="nil-3128">: #+srcname: fig1plot
 235 : #+begin_src R :exports code :file fig1plot.pdf
 236 :   plot(x, y)
 237 :   abline(out1)
 238 : #+end_src
 239 </span>where the <span class="org-code" id="nil-3253">=:exports code=</span> indicates that only the return value (not
 240 code) should be exported and the <span class="org-code" id="nil-3344">=#+srcname: fig1plot=</span> gives the code
 241 block a name (to be used later).  And &quot;later&quot; is almost immediate.
 242 Next we did
 243 <span class="org-code" id="nil-3460">: #+source: fig1
 244 : #+begin_src R :exports results :noweb yes :file fig1.pdf
 245 :   &lt;&lt;fig1plot&gt;&gt;
 246 : #+end_src
 247 </span>
 248 In this code block the <span class="org-code" id="nil-3589">=:file fig1.pdf=</span> header argumentindicates that
 249 the block generates a figure.  Org-babel automagically makes a PDF
 250 file for the figure, and Org-mode handles the export to LaTeX.  The
 251 <span class="org-code" id="nil-3771">=&lt;&lt;fig1plot&gt;&gt;=</span> is an example of &quot;code block reuse&quot;.  It means that we
 252 reuse the code of the code chunk named <span class="org-code" id="nil-3880">=fig1plot=</span>.  The <span class="org-code" id="nil-3897">=:exports
 253 results=</span> in the code block means just what it says (we've already seen
 254 the code---it was produced by the preceding chunk---and we don't want
 255 to see it again, we only want to see the results).  It is important
 256 that we observe the DRY/SPOT rule (<span class="italic" id="nil-4151">/don't repeat yourself/</span> or <span class="italic" id="nil-4178">/single
 257 point of truth/</span>) and only have one bit of code for generating the
 258 plot.  What the reader sees is guaranteed to be the code that made the
 259 plot.  If we had used cut-and-paste, just repeating the code, the
 260 duplicated code might get out of sync after edits.  The rest of this
 261 should be recognizable to anyone who has ever done a LaTeX figure.
 262
 263 So making a figure is a bit more complicated in some ways, but much simpler
 264 than others.  Note the following virtues
 265 - The figure is guaranteed to be the one described by the text (at
 266   least by the R in the text).
 267 - No messing around with sizing or rotations.  It just works!
 268
 269 <span class="org-meta-line" id="nil-4804">#+source: fig2</span>
 270 <span class="org-meta-line" id="nil-4819">#+begin_src R :exports results :file fig2.pdf
 271 </span><span class="org-block" id="nil-4865">  out3 &lt;- lm(y ~ x + I(x^2) + I(x^3))
 272   plot(x, y)
 273   curve(predict(out3, newdata=data.frame(x=x)), add = TRUE)</span><span class="org-meta-line" id="nil-4975">
 274 #+end_src</span>
 275
 276 Note that if you don't care to show the R code to make the figure, it
 277 is simpler still.  Figure \ref{fig:two} shows another plot.  What I
 278 actually typed in <span class="org-code" id="nil-5143">=foo.org=</span> was
 279 <span class="org-code" id="nil-5157">: #+srcname: fig2
 280 : #+begin_src R :exports results :file fig2.pdf
 281 :   out3 &lt;- lm(y ~ x + I(x^2) + I(x^3))
 282 :   plot(x, y)
 283 :   curve(predict(out3, newdata=data.frame(x=x)), add = TRUE)
 284 : #+end_src
 285 </span>
 286 <span class="org-meta-line" id="nil-5353">#+attr_latex: width=0.8\textwidth,placement=[p]</span>
 287 <span class="org-meta-line" id="nil-5401">#+label: fig:two</span>
 288 <span class="org-meta-line" id="nil-5418">#+caption: Scatter Plot with Cubic Regression Curve</span>
 289 <span class="org-meta-line" id="nil-5470">#+results: fig2</span>
 290 <span onclick="toggle_invis('invisible-5486-5488');">…</span><span class="org-link" id="invisible-5486-5488-5486">[</span><span class="org-link" id="invisible-5486-5488-5487">[</span><span class="org-link" id="nil-5488">file:fig2.pd</span><span class="org-link" id="nil-5500">f</span><span onclick="toggle_invis('invisible-5501-5503');">…</span><span class="org-link" id="invisible-5501-5503-5501">]</span><span class="org-link" id="invisible-5501-5503-5502">]</span>
 291
 292 <span class="org-meta-line" id="nil-5505">#+LaTeX:</span><span class="org-block" id="nil-5513"> \pagebreak</span>
 293
 294 Now we just excluded the code for the plot from the figure (with
 295 <span class="org-code" id="nil-5591">=:exports results=</span> so it doesn't show).
 296
 297 Also note that every time we re-export Figures \ref{fig:one}
 298 and \ref{fig:two} change, the latter conspicuously (because the
 299 simulated data are random).  Everything just works.  This should tell
 300 you the main virtue of Org-babel.  It's always correct.  There is
 301 never a problem with stale cut-and-paste.
 302
 303 <span class="org-meta-line" id="nil-5936">#+begin_src R :exports none
 304 </span><span class="org-block" id="nil-5964">  options(scipen=10)</span><span class="org-meta-line" id="nil-5984">
 305 #+end_src</span>
 306
 307 <span class="org-meta-line" id="nil-5996">#+results:</span>
 308 <span class="org-code" id="nil-6007">: 0
 309 </span>Simple numbers can be plugged into the text with the <span class="org-code" id="nil-6064">=src_R=</span> command,
 310 for example, the quadratic and cubic regression coefficients in the
 311 preceding regression were \beta_2 = src_R{round(out3$coef<span class="org-footnote" id="nil-6206">[3</span><span class="org-footnote" id="nil-6208">]</span>, 4)} and \beta_3
 312 = src_R{round(out3$coef<span class="org-footnote" id="nil-6250">[4</span><span class="org-footnote" id="nil-6252">]</span>, 4)}.  Just magic!  What I actually typed
 313 in <span class="org-code" id="nil-6299">=foo.org=</span> was
 314 <span class="org-code" id="nil-6313">: were </span><span class="org-code" id="nil-6320">\beta</span><span class="org-code" id="nil-6325">_2 = src_R{round(out3$coef</span><span class="org-code" id="nil-6351">[3</span><span class="org-code" id="nil-6353">]</span><span class="org-code" id="nil-6354">, 4)}
 315 : and </span><span class="org-code" id="nil-6366">\beta</span><span class="org-code" id="nil-6371">_3 = src_R{round(out3$coef</span><span class="org-code" id="nil-6397">[4</span><span class="org-code" id="nil-6399">]</span><span class="org-code" id="nil-6400">, 4)}
 316 </span><span class="org-meta-line" id="nil-6406">#+begin_src R :exports none
 317 </span><span class="org-block" id="nil-6434">  options(scipen=0)</span><span class="org-meta-line" id="nil-6453">
 318 #+end_src</span>
 319
 320 The <span class="org-code" id="nil-6469">=xtable=</span> command is used to make tables.  (The following is the
 321 Org-babel output of another code block that we don't explicitly show.
 322 Look at <span class="org-code" id="nil-6611">=foo.org=</span> for details.)
 323 <span class="org-meta-line" id="nil-6635">#+begin_src R :exports both :results output
 324 </span><span class="org-block" id="nil-6679">  out2 &lt;- lm(y ~ x + I(x^2))
 325   foo &lt;- anova(out1, out2, out3)
 326   foo</span><span class="org-meta-line" id="nil-6746">
 327 #+end_src</span>
 328
 329 <span class="org-meta-line" id="nil-6758">#+begin_src R :exports both :results output
 330 </span><span class="org-block" id="nil-6802">  class(foo)</span><span class="org-meta-line" id="nil-6814">
 331 #+end_src</span>
 332
 333 <span class="org-meta-line" id="nil-6826">#+begin_src R :exports both :results output
 334 </span><span class="org-block" id="nil-6870">  dim(foo)</span><span class="org-meta-line" id="nil-6880">
 335 #+end_src</span>
 336
 337 <span class="org-meta-line" id="nil-6892">#+source: foo-as-matrix</span>
 338 <span class="org-meta-line" id="nil-6916">#+begin_src R :exports both :results output
 339 </span><span class="org-block" id="nil-6960">  foo &lt;- as.matrix(foo)
 340   foo</span><span class="org-meta-line" id="nil-6989">
 341 #+end_src</span>
 342
 343 <span class="org-meta-line" id="nil-7001">#+LaTeX:</span><span class="org-block" id="nil-7009"> \pagebreak</span>
 344
 345 <span class="org-meta-line" id="nil-7022">#+begin_src R :results output latex :exports results
 346 </span><span class="org-block" id="nil-7075">  library(xtable)
 347   xtable(foo, caption = &quot;ANOVA Table&quot;, label = &quot;tab:one&quot;,
 348       digits = c(0, 0, 2, 0, 2, 3, 3))</span><span class="org-meta-line" id="nil-7189">
 349 #+end_src</span>
 350
 351 <span class="org-meta-line" id="nil-7201">#+results: foo-as-matrix</span>
 352
 353 So now we are ready to turn the matrix <span class="org-code" id="nil-7266">=foo=</span> into Table \ref{tab:one}
 354 using the R chunk
 355 <span class="org-code" id="nil-7315">: #+begin_src R :results output latex :exports results
 356 :   library(xtable)
 357 :   xtable(foo, caption = &quot;ANOVA Table&quot;, label = &quot;tab:one&quot;,
 358 :       digits = c(0, 0, 2, 0, 2, 3, 3))
 359 : #+end_src
 360 </span>
 361 (note the difference between arguments to the <span class="org-code" id="nil-7550">=xtable=</span> function and to
 362 the <span class="org-code" id="nil-7579">=xtable=</span> method of the <span class="org-code" id="nil-7602">=print=</span> function)
 363
 364 To summarize, Org-babel is terrific, so important that soon we'll not
 365 be able to get along without it.  It's virtues are
 366 - The numbers and graphics you report are actually what they
 367   are claimed to be.
 368 - Your analysis is reproducible.  Even years later, when you've
 369   completely forgotten what you did, the whole write-up, every single
 370   number or pixel in a plot is reproducible.
 371 - Your analysis actually works---at least in this particular instance.
 372   The code you show actually executes without error.
 373 - Toward the end of your work, with the write-up almost done you
 374   discover an error.  Months of rework to do?  No!  Just fix the error
 375   and rerun <span class="org-code" id="nil-8275">=Sweave=</span> and <span class="org-code" id="nil-8288">=latex=</span>.  One single problem like this and
 376   you will have all the time invested in <span class="org-code" id="nil-8372">=Sweave=</span> repaid.
 377 - This methodology provides dicipline.  There's nothing that will make
 378   you clean up your code like the prospect of actually revealing it to
 379   the world.
 380
 381 Whether we're talking about homework, a consulting report, a textbook,
 382 or a research paper.  If they involve computing and statistics, this
 383 is the way to do it.
 384 </pre>
 385
 386  </body>
 387 </html>