Shortened the description of the PLOS One template
authortsdye <tsd@tsdye.com>
Mon, 17 Mar 2014 16:20:53 +0000 (06:20 -1000)
committertsdye <tsd@tsdye.com>
Mon, 17 Mar 2014 16:20:53 +0000 (06:20 -1000)
exporters/plos-one-template-worg.org

index 5cec7e4..97159f1 100644 (file)
@@ -11,9 +11,9 @@
 #+call: plos-one-start(kwd="TITLE") :wrap latex
 
 
-* Instructions for Use
+* Template overview
 
-This file provides a template to export an Org mode file to a LaTeX
+This project provides a template to export an Org mode file to a LaTeX
 file that meets the specifications of the open-access journal
 [[http://www.plosone.org][/PLOS ONE/]]. It features:
 
@@ -25,645 +25,9 @@ file that meets the specifications of the open-access journal
    [[http://biostats.bepress.com/bioconductor/paper2/][compendium]] in pdf format;
  - [[http://www.bibtex.org][BibTeX]] bibliography management with [[http://joostkremers.github.io/ebib/][Ebib]]
 
-These features are described in the following sections. In addition,
-there is a [[Checklist][checklist]] to help guide you through configuration and
-document preparation.
+In addition, there is a checklist to help guide you through
+configuration and document preparation.
 
 The template is distributed as =plos-one-template.org= at
 https://github.com/tsdye/org-plos-one-template.git.
 
-** Emacs Local Variables
-
-The environment is set up with [[Local Variables][Emacs local variables]], which Emacs
-requires be found near the end of the file.  
-
-The following local variable lines initialize the Org mode LaTeX
-exporter, indicate the name of the asynchronous export initialization
-file, and then specify that asynchronous export should be used and
-that the export process should leave data behind in case there are
-problems.
-
-#+begin_example
- # eval: (require 'ox-latex)
- # eval: (setq org-export-async-init-file (expand-file-name "init-plos.el"))
- # org-export-in-background: t 
- # org-export-async-debug: t 
-#+end_example
-
-The following local variable line provides compatibility across a
-recent Org mode function name change.
-
-#+begin_example
- # eval: (and (fboundp 'org-sbe) (not (fboundp 'sbe)) (fset 'sbe 'org-sbe))
-#+end_example
-
-
-The following local variable line executes [[Link Type for Citations][a source code block]] that
-defines an Org mode link that functions to insert a bibliographic
-reference.
-
-#+begin_example
- # eval: (sbe "define-cite-link")
-#+end_example
-
-
-The final local variable line executes [[ebib-setup][a source code block]] that sets
-up the [[http://joostkremers.github.io/ebib/][Ebib]] BibTeX database manager.
-
-#+begin_example
- # eval: (sbe "ebib-setup")
-#+end_example
-
-** Asynchronous Export
-
-The /PLOS ONE/ template is set up to use the asynchronous Org mode
-exporter, both for the article and for the optional supporting
-information document.
-
-To export the article with point anywhere in the Org mode buffer, type
-=C-c C-e l o= or =C-c C-e l p=. The first of these will export a LaTeX
-file, compile it with pdflatex, then attempt to open the resulting pdf
-file. The second one does the same, but does not attempt to open the
-pdf file.
-
-To export the supporting information document, move point to the
-[[Supporting Information Document]] heading and type =C-c C-e C-s l o= or
-=C-c C-e C-s l p= to export the supporting information sub-tree.
-
-** Custom Document Classes
-
-The /PLOS ONE/ template includes two custom document classes named
-=plos-devel= and =plos-submit=.  
-
-The document class =plos-devel= can be used when the article is being
-written. It includes figures in the exported document.
-
-The document class =plos-submit= can be used to make the pdf file that
-will be submitted to /PLOS ONE/. It includes figure captions, but does
-not insert the figures. /PLOS ONE/ requires that figures be submitted
-as separate tiff or eps format graphics files.
-
-The document class is set near the top of the file, with
-the =#+LATEX_CLASS:= property.  The default value set in the template
-is =plos-devel=.  In most cases it is convenient to use this document
-class until the article is complete and ready to be sent to the
-journal. Then, the =#+LATEX_CLASS:= property can be changed to
-=plos-submit= and the document exported in the usual way.
-
-** Using Ebib for Citations
-
-The file is set up to use Ebib for citations.  Ebib is a convenient
-tool that uses Emacs for display, but otherwise operates
-independently. You can learn how to use Ebib with its excellent [[http://joostkremers.github.io/ebib/][user
-manual]]. Please be aware that the current user manual is hosted on
-github and that the old user manual, hosted on sourceforge, is what
-Google finds. An easy way to tell them apart is the background color;
-the old manual has a maroon background and the new one has a
-bluish background. 
-
-Ebib is set up to know about the default bibliography database,
-local.bib. If you are used to working in a LaTeX environment and have
-one or more bibliographic databases, you can choose either to transfer
-entries from your own database to local.bib, or you can configure the
-template to use more than one bibliographic database.  There are
-instructions below on how to add a bibliographic database to the
-template. 
-
-You start Ebib with M-x ebib RET.  By default, you should see the
-local.bib with a single entry. Ebib uses single keystrokes for
-commands. Press =z= to lower Ebib and return to this document.
-
-There are several ways to insert a reference into your document. The
-first, and the one I use most often, is bound by the template to =C-c
-b=. Ebib will prompt for the citation key to use, then for the
-citation command, and finally, for Argument 1, which specifies how the
-citation will look in the Org mode buffer.
-
-The sequence =C-c b=, =sch TAB RET=, =c TAB RET=, =schulte= inserts
-the following reference: [[cite:schulte12:_multi_languag_comput_envir_liter][schulte]].  Clicking on the link will take you
-to the entry of local.bib.  Press =z= in Ebib to return to this document.
-
-*** Adding Another BibTeX Database
-
- - [ ] Add the database name to the [[end-matter][LaTeX =\bibliography= command]]
- - [ ] If you are making a  [[http://biostats.bepress.com/bioconductor/paper2/][compendium]], add the database name to the
-   [[compendium-contents][compendium contents table]]
- - [ ] Modify the [[ebib-setup][Ebib setup code]] and execute the source code block
-
-** Figures
-
-/PLOS ONE/ has a [[http://www.plosone.org/static/figureGuidelines#titles][detailed specification for figures]].  You are
-encouraged to read it carefully.  In particular, you'll need to
-produce either =tiff= or =eps= files to submit to the journal.
-
-If you are planning to distribute a  [[http://biostats.bepress.com/bioconductor/paper2/][compendium]] with your paper, then
-you will want to develop the figures in the [[Supporting Information Document][supporting information
-document]] section, so the code involved in their construction can be
-easily packaged.
-
-The figures for the paper are inserted in the [[Figure Legends][section for figure
-legends]], in the usual Org mode way.
-
-I develop the paper using the =#+LATEX_CLASS:= plos-devel and insert
-the figures as LaTeX-friendly =pdf= or =jpg= files.  This way I can
-see that the figures are right with their captions and I can
-distribute the draft paper to colleagues as a single =pdf= document
-with figures.
-
-When it is time to submit to the journal, I switch the =#+LATEX_CLASS=
-to plos-submit, which removes the figures, but leaves the figure
-captions.  At that time, the LaTeX-friendly figures can be converted
-to either =tiff= or =eps= format for the journal.
-
-** /PLOS ONE/ Supporting Information Document
-
-/PLOS ONE/ will accept a  [[http://biostats.bepress.com/bioconductor/paper2/][compendium]] in =pdf= format as Supporting
-Information. The template supports this effort by partially populating
-two tables, one that lists the [[open-source-software][software used to produce the paper]] and
-the other that includes [[compendium-contents][links to graphic and other files]] archived
-within the =pdf= file. 
-
-** Checklist [0/10]                                 
-
-  - [ ] Save this file as the file name of your choice, e.g., myarticle.org.
-  - [ ] Configure the [[export-setup-plos-one][PLOS ONE initialization files]]
-  - [ ] Tangle the initialization files by [[elisp:(sbe "tangle-init-file")][clicking here]]
-  - [ ] Complete the [[author-table][author table]]
-  - [ ] Possibly configure the [[end-matter][bibliography command]], or just use the
-    default local.bib
-  - [ ] Possibly configure the [[Supporting Information Document][supporting information document]] EXPORT_TITLE
-    property to reflect the title of your article 
-  - [ ] Prepare a [[Striking Image][striking image]]
-  - [ ] Prepare a [[PLOS-One Instructions for Cover Letter][cover letter]]
-  - [ ] Optionally, export the supporting information document by
-    pressing =C-c C-e C-s l o= with the point in the [[Supporting
-    Information Document][supporting information document]] headline
-  - [ ] Export the article, by pressing =C-c C-e l o= anywhere in the document
-* Abstract
-
-# add the abstract above this line
-
-** /PLOS ONE/ instructions for the abstract [0/5]                  :noexport:
-The abstract should:
- - [ ] Describe the main objective(s) of the study
- - [ ] Explain how the study was done, including any model organisms
-   used, without methodological detail
- - [ ] Summarize the most important results and their significance
- - [ ] Not exceed 300 words
- - [ ] Abstracts should not include:
-   - [ ] Citations
-   - [ ] Abbreviations, if possible
-* Introduction
-* Section(s) to be written
-* Discussion
-* Acknowledgments
-
-
-# acknowledge colleagues above this line
-
-#+name: end-matter
-#+begin_latex
-  % Add the base name of new .bib file(s) between the curly braces 
-  \bibliography{local}
-  \clearpage
-#+end_latex
-
-* Supporting Information
-
-# describe supporting information above this line
-
-#+LATEX: \clearpage
-
-* Figure Legends
-
-# insert figures above this line
-
-#+latex: \clearpage
-
-* Tables
-
-# insert tables above this line
-
-#+latex: \clearpage
-
-* Supporting Information Document                                
-   :PROPERTIES:
-   :EXPORT_FILE_NAME: supporting-information
-   :EXPORT_TITLE: Supporting Information for ``YOUR TITLE HERE''
-   :EXPORT_LATEX_HEADER: \input{supplementary-material-header}
-   :END:
-
-#+call: plos-one-start(kwd="EXPORT_TITLE") :wrap latex
-
-#+TOC: tables
-#+TOC: listings
-
-** Introduction
-
-
-#+name: open-source-software
-#+attr_latex: :font \footnotesize :booktabs t
-#+caption[Open source software requirements]: *Open source software requirements.*
-| Software        | Distribution      | Notes                                       |
-|-----------------+-------------------+---------------------------------------------|
-| Emacs           | [[http://www.gnu.org/software/emacs/][GNU Emacs]]         | See distribution installation instructions  |
-|                 | [[http://www.us.xemacs.org/][XEmacs]]            | See distribution installation instructions  |
-| Ebib            | [[http://joostkremers.github.io/ebib/][Ebib]]              | Easy installation via [[http://melpa.milkbox.net/#/][MELPA]]                      |
-| \LaTeX          | [[http://www.tug.org/texlive][TeX Live (Linux)]]  | See distribution installation instructions  |
-|                 | [[http://www.tug.org/mactex/][MacTeX (Mac OS X)]] | See distribution installation instructions  |
-|                 | [[http://www.tug.org/protext/][proTeXt (Windows)]] | See distribution installation instructions  |
-| \LaTeX┬ápackages | [[http://www.ctan.org/pkg/setspace][setspace]]          | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/amsmath][amsmath]]           | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/amsfonts][amssymb]]           | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/graphicx][graphicx]]          | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/cite][cite]]              | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/color][color]]             | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/caption][caption]]           | Required by /PLOS ONE/                      |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/minted][minted]]            | Used by the Supporting Information document |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/longtable][longtable]]         | Used by the Supporting Information document |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/booktabs][booktabs]]          | Used by the Supporting Information document |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/attachfile][attachfile]]        | Used by the Supporting Information document |
-|                 | [[http://www.ctan.org/tex-archive/usergrps/dante/dtk][dtklogos]]          | Used by the Supporting Information document |
-|                 | [[http://www.ctan.org/pkg/paralist][paralist]]          | Used by the Supporting Information document |
-
-
-#+caption[Compendium contents]: *Compendium contents.*
-#+attr_latex: :font \footnotesize :booktabs t
-#+name: compendium-contents
-| Description                       | File name               | Link to file                                                      |
-|-----------------------------------+-------------------------+-------------------------------------------------------------------|
-| Org mode /PLOS ONE/ template file | =plos-one-template.org= | @@latex:\attachfile[mimetype=text/plain]{plos-one-template.org}@@ |
-| Project bibliographic database    | =local.bib=             | @@latex:\attachfile[mimetype=text/plain]{local.bib}@@             |
-| /PLOS ONE/ bibliography style     | =plos2009.bst=          | @@latex:\attachfile[mimetype=text/plain]{plos2009.bst}@@          |
-
-** Section(s) to be written
-* Cover Letter                                                    
-:PROPERTIES:
-   :EXPORT_FILE_NAME: cover-letter
-   :END:
-
-** PLOS-One Instructions for Cover Letter [0/7]                   
-You should supply an approximately one page cover letter that:
-
- - [ ] Concisely summarizes why your paper is a valuable addition to the
-   scientific literature
- - [ ] Briefly relates your study to previously published work
- - [ ] Specifies the type of article you are submitting (for example,
-   research article, systematic review, meta-analysis, clinical trial)
- - [ ] Describes any prior interactions with PLOS regarding the submitted
-   manuscript
- - [ ] Suggests appropriate /PLOS ONE/ Academic Editors to handle your
-   manuscript ([[http://www.plosone.org/static/edboard][view a complete listing of our academic editors]])
- - [ ] Lists any recommended or opposed reviewers
- - [ ] Your cover letter should not include requests to reduce or waive
-   publication fees. Should your manuscript be accepted, you will have
-   the opportunity to include your requests at that time. See PLOS ONE
-   Editorial Policy for more information regarding publication fees.
-* Striking Image                                                  
-
-#+begin_quote
-Authors are encouraged to upload a "striking image" that may be used
-to represent their paper online in places like the journal homepage or
-in search results. The striking image must be derived from a figure or
-supporting information file from the paper, ie. a cropped portion of
-an image or the entire image. Striking images should ideally be high
-resolution, eye-catching, single panel images, and should ideally
-avoid containing added details such as text, scale bars, and arrows.
-If no striking image is uploaded, a figure from the paper will be
-designated as the striking image.
-#+end_quote
-
-* Author Table 
-
-The =author-table= holds information on the authors and their
-affiliations.  It is assembled and placed on the title page by [[plos-one-start][this
-Emacs lisp source code block]].  Most of the column names should be
-self-explanatory. The =Corresponding= column should have "yes" or "no"
-entries that indicate whether or not the author is the corresponding
-author.
-
-#+name: author-table
-| Author name | Department | Institution | City | State | Country | Email | Corresponding |
-|-------------+------------+-------------+------+-------+---------+-------+---------------|
-
-
-*NOTE* Do not add, delete, or change the position of a column in the
-=author-table=.  The [[plos-one-start][simple-minded code]] that processes the
-table will be confused if you do.
-
-* /PLOS ONE/ Template Source Code
-** Export setup for /PLOS ONE/
-
-The following source code block can be configured for the user's set
-up by setting the =:var path-to-ox-latex= header argument to an
-appropriate value.
-
-#+name: export-setup-plos-one
-#+header: :var path-to-ox-latex="~/.emacs.d/src/org-mode/lisp"
-#+header: :noweb yes
-#+header: :results silent
-#+header: :tangle init-plos.el
-#+begin_src emacs-lisp
-  (setq load-path (cons path-to-ox-latex load-path))
-  (require 'ox-latex)
-  (setq org-confirm-babel-evaluate nil)
-  (setq org-latex-listings 'minted)
-  (setq org-latex-listings-options
-        '(("frame" "lines")
-          ("basicstyle" "\\footnotesize")
-          ("numbers" "left")
-          ("numberstyle" "\\tiny")))
-  (setq org-latex-minted-options
-        '(("frame" "lines")
-          ("fontsize" "\\footnotesize")
-          ("linenos" "")))
-  (add-to-list 'org-latex-minted-langs '(lisp "cl"))
-  (setq org-latex-pdf-process
-        '("pdflatex -shell-escape -interaction nonstopmode -output-directory %o %f"
-          "bibtex %b"
-          "pdflatex -shell-escape -interaction nonstopmode -output-directory %o %f"
-          "pdflatex -shell-escape -interaction nonstopmode -output-directory %o %f"))
-    (org-babel-do-load-languages
-     'org-babel-load-languages
-     '((R . t)
-       (dot . t)
-       (emacs-lisp . t)
-       (latex . t)
-       (org . t)
-       (sh . t)))
-    <<user-entities>>
-    (setq org-latex-packages-alist nil)
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "setspace"))
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "amsmath"))
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "amssymb"))
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "graphicx"))
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("" "cite"))
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("usenames,dvipsnames" "color"))
-    (add-to-list 'org-latex-packages-alist '("labelfont=bf,labelsep=period,justification=raggedright" "caption"))
-    (setq org-latex-tables-booktabs nil)
-    (setq org-latex-title-command nil)
-    (setq org-latex-remove-logfiles nil)
-    (setq org-latex-toc-command "\\tableofcontents\n\n")
-    (setq org-latex-classes nil)
-    (add-to-list 'org-latex-classes
-                 '("plos-submit"
-                   "\\documentclass[10pt]{article}
-    [NO-DEFAULT-PACKAGES]
-    [PACKAGES]
-    [EXTRA]
-    \\doublespacing
-    % Text layout
-    \\topmargin 0.0cm
-    \\oddsidemargin 0.5cm
-    \\evensidemargin 0.5cm
-    \\textwidth 16cm 
-    \\textheight 21cm
-    \\bibliographystyle{plos2009}
-    \\makeatletter
-    \\renewcommand{\\@biblabel}[1]{\\quad#1.}
-    \\makeatother
-    \\pagestyle{myheadings}
-    \\renewcommand{\\includegraphics}[2][]{}
-    %% ** EDIT HERE **
-    \\DeclareCaptionLabelFormat{si}{#1S#2}    
-    
-    %% ** EDIT HERE **
-    %% PLEASE INCLUDE ALL MACROS BELOW
-    %% \\newcommand{\\texttwosuperior}{$^{2}$}
-    %% \\newcommand{\\textpm}{$\\pm$}
-    \\newcommand{\\rc}{$^{14}C$}
-    %% END MACROS SECTION"
-                     ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
-                     ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
-                     ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
-                     ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
-                   ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
-    (add-to-list 'org-latex-classes
-                 '("plos-devel"
-                   "\\documentclass[10pt]{article}
-    [NO-DEFAULT-PACKAGES]
-    [PACKAGES]
-    [EXTRA]
-    \\doublespacing
-    % Text layout
-    \\topmargin 0.0cm
-    \\oddsidemargin 0.5cm
-    \\evensidemargin 0.5cm
-    \\textwidth 16cm 
-    \\textheight 21cm
-    \\bibliographystyle{plos2009}
-    \\makeatletter
-    \\renewcommand{\\@biblabel}[1]{\\quad#1.}
-    \\makeatother
-    \\pagestyle{myheadings}
-    %% ** EDIT HERE **
-    \\DeclareCaptionLabelFormat{si}{#1S#2}    
-    
-    %% ** EDIT HERE **
-    %% PLEASE INCLUDE ALL MACROS BELOW
-    %% \\newcommand{\\texttwosuperior}{$^{2}$}
-    %% \\newcommand{\\textpm}{$\\pm$}
-    \\newcommand{\\rc}{$^{14}C$}
-    %% END MACROS SECTION"
-                     ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
-                     ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
-                     ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
-                     ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
-                     ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
-      <<ngz-nbsp>>
-      <<tsd-textpm>>
-      <<tsd-continuation-strings>>
-      <<define-cite-link>>
-#+end_src
-
-** Include File for Supporting Information Class File
-
-#+begin_example
-,#+name: supplementary-material-latex-header
-,#+header: :tangle supplementary-material-header.tex
-,#+begin_src latex
-  \usepackage{dtklogos}% for the \BibTeX command
-  \usepackage{longtable}
-  \usepackage{minted}
-  \usemintedstyle{tango}
-  \renewcommand\listoflistingscaption{List of Source Code Block Listings}
-  \usepackage{booktabs}
-  \usepackage{paralist}
-  \usepackage[colorlinks=true,allcolors=blue]{hyperref}
-  \usepackage{attachfile}
-  \renewcommand\thefigure{S\arabic{figure}} 
-  \renewcommand\thetable{S\arabic{table}} 
-  \renewcommand\thelisting{S\arabic{listing}} 
-,#+end_src
-#+end_example
-
-** Link Type for Citations
-
-The following source code block defines a cite: link type.  The cite
-links will be inserted into the Org mode document by Ebib.  When the
-Org mode file is exported to LaTeX, a =\cite= command is inserted into
-the LaTeX file. This is the only type of citation allowed by the /PLOS
-ONE/ style.
-
-
-#+name: define-cite-link
-#+header: :results silent :exports code
-#+begin_src emacs-lisp
-  (org-add-link-type
-   "cite" 'ebib-open-org-link
-   (lambda (path desc format)
-     (cond
-       ((eq format 'latex)
-        (format "\\cite{%s}" path)))))
-#+end_src
-
-** Access Keyword Values
-
-This is taken from [[http://jkitchin.github.io/blog/2013/05/05/Getting-keyword-options-in-org-files/][John Kitchin's blog]].  It has been modified so
-=org-element-map= returns node properties in addition to keywords. 
-
-#+name: jk-keywords
-#+header: :results silent
-#+begin_src emacs-lisp
-(defun jk-org-kwds ()
-  "parse the buffer and return a cons list of (property . value)
-from lines like: #+PROPERTY: value"
-  (org-element-map (org-element-parse-buffer 'element) '(keyword node-property)
-                   (lambda (keyword) (cons (org-element-property :key keyword)
-                                           (org-element-property :value keyword)))))
-
-(defun jk-org-kwd (KEYWORD)
-  "get the value of a KEYWORD in the form of #+KEYWORD: value"
-  (cdr (assoc KEYWORD (jk-org-kwds))))
-#+end_src
-
-*** Test Keyword Values
-
-The following source code block should return the value of
-the =#+HTML_CONTAINER:= property declared near the top of this file.
-
-#+name: test-properties
-#+header: :exports both
-#+begin_src emacs-lisp
-  (jk-org-kwd "HTML_CONTAINER")
-#+end_src
-
-#+results: test-properties
-: div
-
-** Tangle the Initialization File
-
-#+name: tangle-init-file
-#+header: :results silent
-#+begin_src emacs-lisp
-(org-babel-tangle)
-#+end_src
-
-** Preamble Source Code
-
-The source code block =plos-one-start= is called before the first
-headline. It takes information from the =author-table= and creates a
-title page that meets the following [[http://www.plosone.org/static/guidelines#format][/PLOS ONE/ specification]]:
-
-#+begin_quote
-The title, authors, and affiliations should all be included on a title
-page as the first page of the manuscript file.
-#+end_quote
-
-#+name: plos-one-start
-#+header: :var tab=author-table
-#+header: :var kwd="TITLE"
-#+header: :results raw 
-#+header: :wrap latex
-#+header: :colnames no 
-#+header: :hlines yes
-#+header: :noweb yes
-#+header: :exports code
-#+begin_src emacs-lisp
-  <<jk-keywords>>
-  (require 'cl)
-  (defun author-name (recs)
-    "Format the author name list."
-    (let ((i 0))
-      (mapcar (lambda (row)
-                (concat (format "%s$^{%d%s" (first row)
-                                (incf i)
-                                (if (equal "yes" (eighth row)) ",\\ast" ""))
-                        (if (equal row (car (last recs))) "}$" "}$,")))
-              recs)))
-  
-  (defun author-affiliation (recs)
-    "Format the author affiliation list."
-    (let ((i 0))
-      (mapcar (lambda (row)
-                (format "\\bf{%d} %s, %s, %s, %s, %s" (incf i)
-                        (second row) (third row) (fourth row)
-                        (fifth row) (sixth row)))
-              recs)))
-  (defun corresponding-email (recs)
-    "Return the corresponding email."
-    (mapcar (lambda (row)
-              (format "%s" (if (equal "yes" (eighth row)) (seventh row) "")))
-            recs))
-  
-  (let* ((tab (cdr (cdr tab)))
-         (a (author-name tab))
-         (b (author-affiliation tab))
-         (c (corresponding-email tab)))
-    (concat (format "\\begin{flushleft}\n{\\Large\n\\textbf{%s}\n}\n\\\\\n"
-                    (jk-org-kwd kwd))
-            (mapconcat 'identity a "\n") "\n\\\\\n"
-            (mapconcat 'identity b "\n\\\\\n")
-            "\n\\\\\n$\\ast$ E-mail: "
-            (mapconcat 'identity c "\n")
-            "\n\\end{flushleft}\n\\newpage"))
-#+end_src
-
-** Ebib Setup
-
-This source code block initializes Ebib and binds =C-c b= to the
-command that inserts the =cite:= link.  It instructs Ebib to look for
-the BibTeX database, =local.bib=, in the current directory and puts
-=local.bib= on the list of local BibTeX file names.  The last line
-defines the command that inserts the =cite:= link.  
-
-#+name: ebib-setup
-#+begin_src emacs-lisp
-  (autoload 'ebib "ebib" "Ebib, a BibTeX database manager." t)
-  (dolist (hook '(org-mode-hook))
-    (add-hook hook (lambda () (local-set-key "\C-cb" 'ebib-insert-bibtex-key))))
-  (setq ebib-bib-search-dirs (quote ("./")))
-  (setq ebib-preload-bib-files (quote ("local.bib")))
-  (setq ebib-local-bibtex-filenames (quote ("local.bib")))
-  (setq ebib-citation-commands
-        (quote ((org-mode (("cite" "[[cite:%K][%A]]"))))))
-#+end_src
-
-If you want to add another BibTeX database to the setup, then you
-might need to modify this code in three places.  For example, to also
-load a database named =main.bib= that is found in the =biblio= folder
-of the user's home directory:
-
-#+begin_example
-  (setq ebib-bib-search-dirs (quote ("./" "~/biblio")))
-  (setq ebib-preload-bib-files (quote ("local.bib" "main.bib")))
-  (setq ebib-local-bibtex-filenames (quote ("local.bib" "main.bib")))
-#+end_example
-
-
-* Local Variables                
-
-#+begin_example
-# eval: (require 'ox-latex)
-# eval: (setq org-export-async-init-file (expand-file-name "init-plos.el"))
-# org-export-in-background: t 
-# org-export-async-debug: t 
-# eval: (and (fboundp 'org-sbe) (not (fboundp 'sbe)) (fset 'sbe 'org-sbe))
-# eval: (sbe "define-cite-link")
-# eval: (sbe "ebib-setup")
-#+end_example
-
-
-              
-