Removed .old files
authorThomas Dye <tsd@tsdye.com>
Mon, 24 Sep 2012 00:35:50 +0000 (14:35 -1000)
committerThomas Dye <tsd@tsdye.com>
Mon, 24 Sep 2012 00:35:50 +0000 (14:35 -1000)
org-contrib/babel/languages/ob-doc-LaTeX.org.old [deleted file]
org-contrib/babel/languages/ob-doc-R.org.old [deleted file]

diff --git a/org-contrib/babel/languages/ob-doc-LaTeX.org.old b/org-contrib/babel/languages/ob-doc-LaTeX.org.old
deleted file mode 100644 (file)
index 8a39157..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,257 +0,0 @@
-#+OPTIONS:    H:3 num:nil toc:2 \n:nil @:t ::t |:t ^:{} -:t f:t *:t TeX:t LaTeX:t skip:nil d:(HIDE) tags:not-in-toc
-#+STARTUP:    align fold nodlcheck hidestars oddeven lognotestate hideblocks
-#+SEQ_TODO:   TODO(t) INPROGRESS(i) WAITING(w@) | DONE(d) CANCELED(c@)
-#+TAGS:       Write(w) Update(u) Fix(f) Check(c) noexport(n)
-#+TITLE:      LaTeX Code Blocks in Babel
-#+AUTHOR:     Tom Dye
-#+EMAIL:      tsd at tsdye dot com
-#+LANGUAGE:   en
-#+STYLE:      <style type="text/css">#outline-container-introduction{ clear:both; }</style>
-#+BABEL: :exports code
-
-#+begin_html
-  <div id="subtitle" style="float: center; text-align: center;">
-  <p>
-  Babel support for LaTeX
-  </p>
-  <p>
-  </div>
-#+end_html
-
-* Notes                                                            :noexport:
-** Queries
-** Comments
-* Requirements and Enhancements
-** [[http://www.gnu.org/software/auctex/][AucTeX]]
-   Strongly recommended for editing .tex files.  Add the following
-   line to .emacs:
-       
-#+begin_src emacs-lisp 
-(load "auctex.el" nil t t)
-#+end_src
-
-** [[http://www.gnu.org/software/auctex/reftex.html][RefTeX]]
-    This cross-reference, bibliography, glossary, and index manager is
-    indispensable.  Add the following line to .emacs:
-#+begin_src emacs-lisp 
-(add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex) 
-#+end_src
-
-*** Recommended RefTeX Setting
-     - It can be helpful to name a default bibliography when editing
-       source code in Babel.  Add the following lines, edited to
-       conform to your setup, to .emacs:
-
-
-#+begin_src emacs-lisp 
-  (setq reftex-default-bibliography
-        (quote
-         ("default.bib" "other-default.bib")))       
-#+end_src
-
-*** Enhanced RefTeX Support
-  - You can give RefTeX access to information in other LaTeX code
-    blocks with the following code
-
-  - Add the following lines to your .emacs (adapted from  Kevin Brubeck Unhammer's [[http://www.mfasold.net/blog/2009/02/using-emacs-org-mode-to-draft-papers/][Reftex Setup]])
-#+begin_src emacs-lisp
-  (defun org-mode-article-modes ()
-    (reftex-mode t)
-    (and (buffer-file-name)
-         (file-exists-p (buffer-file-name))
-         (reftex-parse-all)))
-  
-  (add-hook 'org-mode-hook
-            (lambda ()
-              (if (member "REFTEX" org-todo-keywords-1)
-                  (org-mode-article-modes))))
-#+end_src
-
-  - Add the following line to the top of an org-mode file that
-    contains LaTeX code blocks
-#+begin_src latex
-    #+TODO: REFTEX
-#+end_src
-
-  - When you open an org-mode file with this line, RefTeX will prompt
-    for the master .tex file
-
-* Configuration in Babel
-** Activate LaTeX Evaluation
-  - Add the commented line to .emacs
-#+begin_src emacs-lisp :tangle yes
-  (org-babel-do-load-languages
-   'org-babel-load-languages
-   '((R . t)
-     (ditaa . t)
-     (dot . t)
-     (emacs-lisp . t)
-     (gnuplot . nil)
-     (haskell . nil)
-     (latex . t) ; this is the entry to activate LaTeX
-     (ocaml . nil)
-     (perl . t)
-     (python . t)
-     (ruby . t)
-     (screen . nil)
-     (sh . t)
-     (sql . nil)
-     (sqlite . nil)))
-#+end_src
-
-* Language-specific Conventions
-  - Babel returns raw LaTeX code on evaluation, unless a =:file=
-    header argument is present
-  - The default value for the =:exports= header argument is
-    =results=[fn:1] 
-  - The default value for the =:results= header argument is =latex=
-* Header Arguments
-  - Babel's LaTeX support uses the =:file= and =:buffer= header
-    arguments in language-specific ways  
-  - It adds these header arguments: =:pdfheight=, =:pdfwidth=,
-    =:packages=, =:fit=, and =:border=
-
-** Language Specific Header Arguments
-- The =:file= header argument accepts a file name ending in =.png= or
-  =.pdf=
-- When =:file FILENAME.png= is set, =:buffer no= specifies that buffer
-  colors won't be used in the =.png= file
-- When =:file FILENAME.pdf= is set, =:pdfheight= and =:pdfwidth=
-  header arguments can be used to specify the size of the pdf image in
-  LaTeX lengths, e.g., =1in=, =6em=, =48pt=, etc.
-- The =:packages= header argument can be passed an assoc-list that
-  temporarily adds one or more packages to
-  =org-export-latex-packages-alist=
-- =:fit= will use the LaTeX [[http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/preview/][preview]] package for neatly fitting the
-  size of the generated pdf file to the size of the figure or text
-  resulting from the code block.  This is only useful when a =.pdf=
-  file type is in use.
-- the results of the =:fit= header argument mentioned above may seem
-  too tight.  The =:border= header argument is exactly like =:fit=
-  only it takes an argument specifying the size of border to place
-  around the image (e.g. =:border 1em=)
-- the height and width of the generated =.pdf= file can also be
-  specified manually using the =:pdfheight= and =:pdfwidth= header
-  arguments, which take LaTeX length arguments (e.g. =:pdfwidth 3in=)
-- LaTeX source code blocks do not support the =:session= header
-  argument
-
-** Examples of Use
-*** Display the LaTeX logo in the Emacs buffer
-
-: #+begin_src latex :file latex-logo.png
-:   \LaTeX
-: #+end_src
-
-#+begin_src latex :file latex-logo.png :exports none
-  \LaTeX
-#+end_src
-
-*** Generate a complex figure
-This example uses the excellent [[http://sourceforge.net/projects/pgf/][pgf/tikz]] package
-: #+begin_src latex :file fsa.pdf :packages '(("" "tikz")) :border 1em
-:   % Define block styles
-:   \usetikzlibrary{shapes,arrows}
-:   \tikzstyle{astate} = [circle, draw, text centered, font=\footnotesize, fill=blue!25]
-:   \tikzstyle{rstate} = [circle, draw, text centered, font=\footnotesize, fill=red!25]
-: 
-:   \begin{tikzpicture}[->,>=stealth', shorten >=1pt, auto, node distance=2.8cm, semithick]
-:     \node [astate] (1) at (0,0) {1};
-:     \node [astate] (2) at (1,0) {2};
-:     \node [rstate] (3) at (2,0) {3};
-:     \path (1) edge [bend left] node {b} (2)
-:           (2) edge node {b} (3)
-:           (2) edge [bend left] node {a} (1)
-:           (3) edge [loop above] node {(a, b)} (3);
-:   \end{tikzpicture}
-: #+end_src
-
-* Common Idioms
-
-  - Org-mode can export its outline structure to LaTeX, yielding a
-    serviceable document independent of Babel, see the [[http://orgmode.org/worg/org-tutorials/org-latex-export.html][LaTeX export tutorial]]
-
-** Creating and Including Graphics
-   - This example creates a graph in R, then inserts it into a LaTeX
-     clode block with a noweb reference
-
-: #+name: r-complete-weight-histogram
-: #+begin_src R :session adze :file r/adze_wt_log.pdf
-:     adze.wt <- ggplot(whole.adze, aes(x = weight))
-:     adze.wt + geom_histogram() + scale_x_log10()
-:     ggsave(file = "adze_wt_log.pdf", width = 5, height = 3)
-: #+end_src
-
-: #+begin_src latex :tangle graphics-document.tex
-:   \begin{figure}[htb!]
-:     \centering
-:     \includegraphics[width=5in]{<<r-complete-weight-histogram()>>}
-:     \caption[Weight of complete adzes]{Weight of complete adzes on a
-:       logarithmic scale.}
-:     \label{fig:complete-weight}
-:   \end{figure}
-: #+end_src
-
-
-
-** Passing an Org-mode table to a LaTeX code block
-
-Tables are difficult to set in type.  This was true when lead type was
-set manually and it is still true with a sophisticated type-setting
-engine like LaTeX.  One way to make a LaTeX table is to write it out
-using an Org-mode table and then "export" the table into the LaTeX
-code block using the function =orgtbl-to-generic=.
-
-This Emacs lisp function, slightly modified from one written by Eric
-Schulte, inserts an Org-mode table into a LaTeX code block.  It
-depends on the [[http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/booktabs/][LaTeX booktabs package]], which draws horizontal rules of
-appropriate widths at the top and bottom of a table, as well as within
-the table.
-
-: #+name: booktabs-2
-: #+begin_src emacs-lisp :var table='((:head) hline (:body))
-: (flet ((to-tab (tab)
-:                (orgtbl-to-generic
-:                 (mapcar (lambda (lis)
-:                           (if (listp lis)
-:                               (mapcar (lambda (el)
-:                                         (if (stringp el)
-:                                             el
-:                                           (format "%S" el))) lis)
-:                             lis)) tab)
-:                 (list :lend " \\\\" :sep " & " :hline "\\hline"))))
-:   (org-fill-template
-:    "
-: \\toprule
-: %table
-: \\bottomrule\n"
-:    (list
-:     (cons "table"
-:           ;; only use \midrule if it looks like there are column headers
-:           (if (equal 'hline (second table))
-:               (concat (to-tab (list (first table)))
-:                       "\n\\midrule\n"
-:                       (to-tab (cddr table)))
-:             (to-tab table))))))
-: #+end_src
-
-The function can be called using noweb syntax, like this:
-
-: #+begin_src latex :noweb yes
-:  \begin{table}[htb!]
-:    \centering
-:    \caption{A test table}
-:    \label{tab:test}
-:    \begin{tabular}{rl}
-:      <<booktabs-2(table=months)>>
-:    \end{tabular}
-:  \end{table}
-: #+end_src
-
-
-* Footnotes
-
-[fn:1] *Note:* The default value of the =:exports= header argument
-    alters the expected behavior of Org-mode export to HTML and LaTeX.
-    LaTeX code blocks will require an explicit =:exports code= header
-    argument to export as described in the Org-mode manual.
diff --git a/org-contrib/babel/languages/ob-doc-R.org.old b/org-contrib/babel/languages/ob-doc-R.org.old
deleted file mode 100644 (file)
index f04b8c6..0000000
+++ /dev/null
@@ -1,280 +0,0 @@
-#+OPTIONS:    H:3 num:nil toc:2 \n:nil @:t ::t |:t ^:{} -:t f:t *:t TeX:t LaTeX:t skip:nil d:(HIDE) tags:not-in-toc
-#+STARTUP:    align fold nodlcheck hidestars oddeven lognotestate hideblocks
-#+SEQ_TODO:   TODO(t) INPROGRESS(i) WAITING(w@) | DONE(d) CANCELED(c@)
-#+TAGS:       Write(w) Update(u) Fix(f) Check(c) noexport(n)
-#+TITLE:      Org-babel-R
-#+AUTHOR:     Eric Schulte, Dan Davison, Tom Dye
-#+EMAIL:      schulte.eric at gmail dot com, davison at stats dot ox dot ac dot uk
-#+LANGUAGE:   en
-#+STYLE:      <style type="text/css">#outline-container-introduction{ clear:both; }</style>
-
-#+begin_html
-  <div id="subtitle" style="float: center; text-align: center;">
-  <p>
-  Org-babel support for
-  <a href="http://www.r-project.org/">R</a>
-  </p>
-  <p>
-  <a href="http://www.r-project.org/">
-  <img src="http://www.r-project.org/Rlogo.jpg"/>
-  </a>
-  </p>
-  </div>
-#+end_html
-
-* Notes                                                            :noexport:
-** Template Design
-  - What the user wants to know:
-    - Required software
-    - How to install it
-    - How to configure it in Org-babel
-    - Org-babel conventions that might affect the language
-    - How it modifies Org-babel
-    - Common ways to use it
-** Queries
-   - Eric, I think you should name your starter kit Literate Emacs
-     Starter Kit (LESK).  I've taken the liberty of labeling the link
-     to it that way below.  Is that OK?
-   - I think LESK is a couple of steps away from being useful to Lisp
-     illiterates (like me).  I'm thinking of LESK for Lisp
-     IlliteraTEs, or LESK LITE.  Is that anathema?
-** Comments
-   - I'm not sure how you two use tags.  I've used :Fix on Dan's
-     Graphical output, because I think it should be parceled out to
-     various sections of the template, and not because I think it
-     needs fixing in and of itself.
-
-* Requirements                                                       :Update:
-** [[http://ess.r-project.org/][Emacs Speaks Statistics]] 
-   Required for session-based evaluation.
-*** Installation using  [[http://github.com/eschulte/emacs-starter-kit/tree/master][Literate Emacs Starter Kit]]                    :noexport::Write:
-    - unpack ess-VERSION.tgz in .emacs.d/src
-    - for me, this created ess-5.6, need an alias named ess?
-    - where to put (require 'ess-site)?
-* Examples
-  :PROPERTIES:
-  :CUSTOM_ID: examples
-  :END:
-Examples demonstrating the use of R code within Org-mode.
-
-- [[file:R/RBabelExample.org][RBabelExample]] ([[http://orgmode.org/w/?p%3Dworg.git%3Ba%3Dblob_plain%3Bf%3Dorg-contrib/babel/languages/R/RBabelExample.org%3Bhb%3DHEAD][.org]], [[http://orgmode.org/w/?p%3Dworg.git%3Ba%3Dblob_plain%3Bf%3Dorg-contrib/babel/languages/R/RBabelExample.pdf%3Bhb%3DHEAD][.pdf]]) -- a short introductory example
-- [[file:../uses.org::#foo][foo.org]] ([[http://orgmode.org/w/?p%3Dworg.git%3Ba%3Dblob_plain%3Bf%3Dorg-contrib/babel/examples/foo.org%3Bh%3Dff77d114bd79eb600139d23338910b1948c06332%3Bhb%3DHEAD][.org]], [[http://orgmode.org/w/?p%3Dworg.git%3Ba%3Dblob%3Bf%3Dorg-contrib/babel/examples/foo.pdf%3Bh%3D15d4233e6561b99216c768a9f94ddcbd0c052524%3Bhb%3DHEAD][.pdf]], [[http://orgmode.org/w/?p%3Dworg.git%3Ba%3Dblob_plain%3Bf%3Dorg-contrib/babel/examples/foo.org.html%3Bh%3D3d157d2ac1b361eea9afc71436a3b0a23a5f1070%3Bhb%3DHEAD][preview]]) -- a more complex example
-
-* Configuration in Org-babel                                :Write:noexport:
-** Variables
-* Language-specific Features                                         :Write:
-** Graphical output                                                    :Fix:
-    If a =:file filename.ext= header argument is provided to an R
-    source block, then the output from the source block will go to the
-    named file. What that output is depends on the value of the
-    =:results= header argument.
-
-    If the value is =:results graphics= then "base" graphics output is
-    captured on disk, and a link to the graphics file is inserted into
-    the Org-mode buffer (as is also the case with the graphics-only
-    languages such as gnuplot, ditaa, dot, and asymptote.)  An attempt
-    is made to find an R graphics device corresponding to the file
-    extension.  Currently, the following extensions are recognized:
-    .png, .jpg, .jpeg, .tiff, .bmp, .pdf, .ps, .postscript, and .svg.
-    If the extension of the file name passed to =:file= is not
-    recognized, png format output is created by default.
-    
-
-    For further clarification of =:file= and =:results=, see [[http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/35396/focus=35766][this
-    thread]].
-
-# <<r-dev-header-args>>
-    Additionally, values for several arguments to the R graphics
-    device can be passed using header args:
-    
-#+begin_example 
-    :width :height :bg :fg :units :pointsize :antialias :quality :compression :res :type :family
-    :title :fonts :version :paper :encoding :pagecentre :colormodel :useDingbats :horizontal
-#+end_example
-    
-    See the R help page for the graphics devices (e.g. using =?png=,
-    =?pdf=) for explanations of these arguments.
-
-    Arguments to the R graphics device can also be passed as a string
-    in R argument syntax, using the header arg =:R-dev-args=.  This is
-    useful for graphics device arguments that don't have an Org-babel
-    header argument counterpart.
-    
-    The following example source block illustrates use of
-    =:R-dev-args= to pass background and foreground colors.  Note that
-    both of these arguments can also be passed directly as
-    header args, using =:fg= and =:bg=.
-
-#+begin_src org
-  ,#+header: :width 8 :height 8 :R-dev-args bg="olivedrab", fg="hotpink"
-  ,#+begin_src R :file z.pdf :results graphics
-  ,plot(matrix(rnorm(100), ncol=2), type="l")
-  ,#+end_src
-#+end_src
-
-If "base" graphics aren't begin generated, then additional header
-arguments might be needed.  For example, with the =ggplot2= package,
-graphics output requires =:results output graphics=.  The following
-example writes the graphics output to the file specified in the
-=:file= header argument.
-
-#+begin_example
-  ,#+name: r-edge-angle-histogram
-  ,#+begin_src R :results output graphics :var x=whole-adzes :file r/adze_edge_angle.png :width 400 :height 300
-    library(ggplot2)
-    adze.edge.angle <- ggplot(x, aes(edge_angle))
-    adze.edge.angle + geom_histogram(aes(y=..density..)) +
-    geom_density(weight=2) + xlab("Measured cutting edge angle (degrees)")
-  ,#+end_src
-  
-  ,#+results:
-  [[file:r/adze_edge_angle.png]]
-#+end_example
-
-** Missing Values                                           :Write:noexport:
-* Additions to Org-babel                                              :Write:
-** Header Arguments
-R support introduces a large number of header arguments to Org-babel.
-Most of these set parameters of R graphic devices, as described [[r-dev-header-args][above]].
-
-It is also possible to include column names during export of data
-frames.
-
-| Header arg    | Meaning                        |
-|---------------+--------------------------------|
-| :colnames yes | Include column names in output |
-
-* Common Idioms                                                     :Write:noexport:
-* Tips for usage
-** Debugging
-   This section contains some tips on how to proceed if your R code is
-   not doing what you had hoped.
-*** Use =:session=
-    Evaluate your code using the =:session= header argument, then
-    visit the R buffer (i.e. the buffer containing the "inferior ESS"
-    process). Then you can inspect the objects that have been created,
-    and try out some lines of code. Useful R functions for inspecting
-    objects include (as always in R, type a "?" followed by the name
-    of the function to get help with the function)
-    - str
-    - dim
-    - summary
-*** Use ESS to step through evaluation line-by-line
-    1. Use C-c ' to visit the edit buffer for your code block
-    2. Use ess-eval-line-and-step to evaluate each line in turn
-
-In addition to ess-eval-line-and-step, there are several other ESS
-functions with names beginning ess-eval-*. They evaluate lines and
-regions in different ways; it's worth looking at their descriptions
-(C-h f).
-    
-** LaTeX code from R
-This example summarises a linear regression fit. Usually the org-babel
-user should not have to be involved in latex code generation, as this
-is the responsibility of org-mode's latex export engine. But in this
-example, neither the printed representation nor the value of
-summary(lm(y ~ x)) is at all tabular, and it would therefore require
-some work to get the information in to an org table. However, the
-xtable package can be used to output a latex table. Using ':results
-latex' in org-babel ensures that this is stored as a latex block in
-the org buffer and thus can be included correctly in latex-based
-export targets.
-
-#+begin_src R :results output latex
-library(xtable)
-x <- rnorm(100)
-y <- x + rnorm(100)
-xtable(summary(lm(y ~ x)))
-#+end_src
-
-#+results:
-#+BEGIN_LaTeX
-% latex table generated in R 2.9.2 by xtable 1.5-5 package
-% Wed Dec  9 17:17:53 2009
-\begin{table}[ht]
-\begin{center}
-\begin{tabular}{rrrrr}
-  \hline
- & Estimate & Std. Error & t value & Pr($>$$|$t$|$) \\ 
-  \hline
-(Intercept) & -0.0743 & 0.0969 & -0.77 & 0.4454 \\ 
-  x & 1.0707 & 0.0923 & 11.60 & 0.0000 \\ 
-   \hline
-\end{tabular}
-\end{center}
-\end{table}
-#+END_LaTeX
-** Org output from R
-David Hajage's [[http://cran.r-project.org/web/packages/ascii/index.html][ascii]] R package creates appropriate plain text
-representations of many R objects, and features an option to specify
-that the plain text representations should be in Org format. This can
-be particularly useful for retrieving non-tabular R data structures in
-Org.
-
-In R:
-#+begin_example 
-> library(ascii)
-> options(asciiType = "org")
-> library(Hmisc)
-> ascii(describe(esoph))
-#+CAPTION: esoph
-- 5 Variable
-- 88 Observations
-
-*agegp*
-|  n | missing | unique |
-| 88 |       0 |      6 |
-
-|           | 25-34 | 35-44 | 45-54 | 55-64 | 65-74 | 75+ |
-| Frequency |    15 |    15 |    16 |    16 |    15 |  11 |
-| %         |    17 |    17 |    18 |    18 |    17 |  12 |
-
-*alcgp*
-|  n | missing | unique |
-| 88 |       0 |      4 |
-
- 0-39g/day (23, 26%), 40-79 (23, 26%), 80-119 (21, 24%), 120+ (21, 24%)
-
-*tobgp*
-|  n | missing | unique |
-| 88 |       0 |      4 |
-
- 0-9g/day (24, 27%), 10-19 (24, 27%), 20-29 (20, 23%), 30+ (20, 23%)
-
-*ncases*
-|  n | missing | unique |  Mean | .05 | .10 | .25 | .50 | .75 | .90 | .95 |
-| 88 |       0 |     10 | 2.273 | 0.0 | 0.0 | 0.0 | 1.0 | 4.0 | 5.3 | 6.0 |
-
-|           |  0 |  1 |  2 |  3 | 4 | 5 | 6 | 8 | 9 | 17 |
-| Frequency | 29 | 16 | 11 |  9 | 8 | 6 | 5 | 1 | 2 |  1 |
-| %         | 33 | 18 | 12 | 10 | 9 | 7 | 6 | 1 | 2 |  1 |
-
-*ncontrols*
-|  n | missing | unique |  Mean | .05 | .10 | .25 | .50 |  .75 |  .90 |  .95 |
-| 88 |       0 |     30 | 11.08 | 1.0 | 1.0 | 3.0 | 6.0 | 14.0 | 29.1 | 40.0 |
-
- lowest:  1  2  3  4  5, highest: 40 46 48 49 60
-#+end_example
-
-
- From Org-babel:
-#+begin_src R :results output org
-  library(ascii)
-  options(asciiType="org")
-  ascii(summary(table(1:4, 1:4)))
-#+end_src
-
-#+results:
-Loading required package: proto
-- Number of cases in table: 4 
-- Number of factors: 2 
-- Test for independence of all factors:
-  - Chisq = 12, df = 9, p-value = 0.2133
-  - Chi-squared approximation may be incorrect
-
-** ess-switch-to-end-of-ESS
-   When in an org mode R code edit buffer with an associated R
-   session, ess-switch-to-end-of-ESS will bring the R session buffer
-   into view and place point at the prompt. ESS binds this to C-c C-z
-   and C-M-r by default.