Restrict priorities fontification to headlines and inlinetasks

* lisp/org.el (org-font-lock-add-priority-faces): Restrict priorities
  fontification to headlines and inlinetasks.

Fix for displaying entities ending in a number

* lisp/org.el (org-fontify-entities): Fix bug: The entities \sup[123] and
  \there4 were not "prettified" when org-pretty-entities was enabled.

TINYCHANGE

org-odt.el: Fix previous commit

* lisp/org-odt.el (org-odt-init-outfile): Fix previous commit.
Make sure that nxml-mode is loaded before let-binding
`nxml-auto-insert-xml-declaration-flag'.

Bump to version 7.8.11.

org-odt.el: Fix corruption due to multiple XML declarations

* lisp/org-odt.el (org-odt-init-outfile)
(org-odt-write-manifest-file): Disable
`nxml-auto-insert-xml-declaration-flag'.

* lisp/org-lparse.el (org-do-lparse): Don't trigger auto-mode
processing.

Guard against insertion of multiple XML declarations within
component XML files when
`nxml-auto-insert-xml-declaration-flag' is on.

Fixes bug
http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-orgmode/2012-05/msg00510.html.

org.el (org-scan-tags): Fix bug when building the scanner regexp.

* org.el (org-scan-tags): Fix bug when building the scanner regexp.

Thanks to Mike McLean, who first reported this issue and provided a
reproducible recipe.  Thanks to Laurynas Biveinis and Loris Bennett
who provided complementary feedback on this.

force cap of auto-inserted begin/end example block

* lisp/ob.el (org-babel-capitalize-examplize-region-markers): Controls
  the capitalization of begin and end example blocks.
  (org-babel-examplize-region): Optionally capitalize example block
  delimiters.

adding a :java header argument to plantuml

* lisp/ob-plantuml.el (org-babel-execute:plantuml): Adding a :java
  header argument to plantuml.

indent block boundaries when body is no-indent

Thanks to Seb and Nick for pointing this out.

* lisp/org-exp-blocks.el (org-export-blocks-preprocess): Even when the
  body of a block is not indented the boundary markers should be
  indented to their original positions so things like list indentation
  still work.

save match data during indentation check

  Thanks to Karl Berg for pointing out this issue.

Bump to version 7.8.10.

Backport change in org.texi by Glenn Morris.

See http://git.savannah.gnu.org/cgit/emacs.git/commit/?id=d38a0a

org.el (org-scan-tags): Correctly match TODO keywords.

* org.el (org-scan-tags): Correctly match TODO keywords.

Thanks to Simon Thum for reporting this.

org-list: Add visibility tests

* testing/lisp/test-org-list.el: Add tests.

org-list: Fix visibility preservation

* lisp/org-list.el (org-list-struct): Fix white spaces.
(org-list-swap-items, org-list-send-item): Fix visibility
preservation.

org-list: Preserve visibility when moving items

* lisp/org-list.el (org-list-swap-items, org-list-send-item): Preserve
  visibility when moving items.

org.el (org-fontify-entities): Hide {} when prettifying entities.

* org.el (org-fontify-entities): Hide {} when prettifying
entities.

TINYCHANGE

org.el: Prevent the display of messages when cycling from with a Gnus article buffer.

* org.el (org-cycle-internal-global): Prevent the display of
messages when cycling from with a Gnus article buffer.

org-table.el: Fix bug about handling a negative duration value.

* org-table.el (org-table-time-seconds-to-string): Fix bug
about handling a negative duration value.

org.texi (Durations and time values): Fix typo.

* org.texi (Durations and time values): Fix typo.

* lisp/org.el (org-link-expand-abbrev): Fix docstring

* lisp/org.el (org-translate-link): Fix bug

org-agenda.el (org-agenda-bulk-mark-regexp): Fix bug.

* org-agenda.el (org-agenda-bulk-mark-regexp): Fix bug when
setting the number of marked entries.

org-table.el: Fix bug in a free variable name.

* org-table.el (org-tbl-calc-modes): Rename from
`org-table-modes'.
(org-set-calc-mode, org-table-eval-formula): Use it.

Thanks to Mikkel Kristiansen for reporting this and
to Nick Dokos for tracking down the bug and proposing
a fix.

fixes a bug finding empty named results

* lisp/ob.el (org-babel-find-named-result): Fix bug finding empty
  named results.

Fix `org-planning-or-clock-line-re' regexp

* lisp/org.el (org-set-regexps-and-options): Fix
  `org-planning-or-clock-line-re' regexp.  Indeed "\\>" will never
  match since time keywords must end with colons, which are not word
  constituent.

org-ctags.el: Fix an option default value back again.

* org-ctags.el (org-ctags-new-topic-template): Fix the option
default value back again.

This option was "fixed" in Emacs emacs-24 branch:
http://git.savannah.gnu.org/cgit/emacs.git/diff/lisp/org/org-protocol.el?h=emacs-24&id=0fc749f9

During an Emacs merge, I didn't check carefully and backported
this change into Org maint branch.  This is now fixed in Org and
in emacs-24.

don't rely on kill-new to return a string

* lisp/org-bibtex.el (org-bibtex-export-to-kill-ring): Don't rely on
  kill-new to return a string.

remove call to bibtex-reformat which often hangs

* lisp/org-bibtex.el (org-bibtex-headline): Remove call to
  bibtex-reformat which often hangs.

org-table: Fix typo in a docstring

* lisp/org-table.el (org-table-number-fraction): Fix typo.

ensure newline precedes automatically-added returns for Python code blocks

* lisp/ob-python.el (org-babel-execute:python): Ensure newline
  precedes automatically-added returns.

org-mouse: Do not move point when clicking on a footnote reference

* lisp/org-mouse.el (org-mode-hook): Do not move point when clicking
  on a footnote reference.

org-faces.el (org-date-selected): Fix docstring.

* org-faces.el (org-date-selected): Fix docstring.

Thanks to Toby Cubitt for pointing this.

Remove * character in front of variable docstring.

* org-ctags.el (org-ctags-new-topic-template): Remove *
character in front of variable docstring.

* org-protocol.el (org-protocol-protocol-alist): Ditto.

See http://git.savannah.gnu.org/cgit/emacs.git/commit/?id=0fc749f9cc4a3c6f36715bb05e03469eee149b15

org-list: Fix bugs relative to item indentation

* lisp/org-list.el (org-list-struct-indent): Follow
  `org-list-demote-modify-bullet' specifications for ordered bullets.
(org-list-indent-item-generic, org-indent-item-tree,
org-outdent-item-tree): Fix bug when operating on a region.
(org-outdent-item, org-indent-item): Allow to operate on a region.
* lisp/org.el (org-shiftmetaleft, org-shiftmetaright): Allow to
  operate on a region.
* testing/lisp/test-org-list.el: Add tests.

org-footnote: Fix positionning in HTML export without a footnote section

* lisp/org-footnote.el (org-footnote-normalize): Fix positionning in
  HTML export without a footnote section.

org.texi: Fix typos of function names in Agenda commands

* org.texi (Agenda commands): Fix two typos by giving corresponding
function names, according to `org-agenda-view-mode-dispatch'.

TINYCHANGE

org-agenda.el: Fix `org-agenda-bulk-toggle'.

* org-agenda.el (org-agenda-bulk-mark): Truly make arg optional as
advertised by the function.

Problem here was that `org-agenda-bulk-toggle' calls
`org-agenda-bulk-mark' with no parameters; however, the (max arg 1)
call inside `org-agenda-bulk-mark' will fail with no parameter.

TINYCHANGE

org.el (org-read-date-display): Fix bug when displaying the overlay.

* org.el (org-read-date-display): Fix bug when displaying the
overlay.

TINYCHANGE

org.el (org-mode): Don't use `buffer-face-mode' by default.

* org.el (org-mode): Don't use `buffer-face-mode' by default.

Still set `org-default' as the face for `buffer-face-mode-face' in
case the user turn `buffer-face-mode' on.

org.el: New face `org-date-selected' for the selected calendar day.

* org-faces.el (org-date-selected): New face.

* org.el (org-date-ovl): Use `org-date-selected'.

This fixes a problem with bold faces enlarging the calendar window
unduely.  See http://patchwork.newartisans.com/patch/1286/

org-odt.el: Fix handling of internal links

* lisp/org-odt.el (org-odt-format-org-link): Pay no heed to
whether the internal links destined for headlines provide a
description or not.  In fact, the `org-store-link' and
`org-insert-link' create internal links which do have a
description.

This fixes an issue where internal links terminating at an
invisible target (that is bound to a headline) was badly
rendered.  Refer following thread:
http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-orgmode/2012-04/msg00757.html

* etc/styles/README: Update Copyright year

OrgOdtStyles.xml: Fix indentation issues with description lists

* etc/styles/OrgOdtStyles.xml (OrgDescriptionList): Modify
style.  With this change, in a description list, if the
description paragraph spawns multiple lines then it will
correctly indented.

org-clock.el (org-program-exists): Fix docstring.

* org-clock.el (org-program-exists): Fix docstring.

Thanks to Sébastien Vauban for reporting this.

orgcard.tex: Fix copyright year.

Bump to version 7.8.09.

Merge branch 'hotfix-7.8.06' of orgmode.org:org-mode into hotfix

org-clock.el: Rename `org-task-overrun*' to `org-clock-task-overrun*'.

* org-clock.el (org-clock-task-overrun-text)
(org-task-overrun, org-clock-get-clock-string)
(org-clock-update-mode-line)
(org-clock-notify-once-if-expired): Rename `org-task-overrun'
and `org-task-overrun-text' to `org-clock-task-overrun' and
`org-clock-task-overrun-text' respectively.
(org-task-overrun-text): New alias.

org-table.el: Fix bug about handling remote references as durations.

* org-table.el (org-table-eval-formula): Fix bug about
handling remote references as durations.

Thanks to Sébastien Vauban for reporting this.

org-pcomplete.el: Fix bug in `pcomplete/org-mode/file-option'.

* org-pcomplete.el (pcomplete/org-mode/file-option): Fix bug
in `pcomplete/org-mode/file-option'.

Before this fix, completing #+ATTR worked only once, as
`org-additional-option-like-keywords' was modified.

Fix bug in org-pcomplete.el.

* org-pcomplete.el (org-thing-at-point): Also match line
options like LATEX_CLASS when pcompleting from LATEX_.

org-agenda.el: Fix inconsistency in `org-agenda-filter-apply' for category filters.

* org-agenda.el (org-agenda-filter-make-matcher)
(org-agenda-filter-apply): Allow filtering entries out by
category.  Using `C-u <' from the agenda view will redisplay
the agenda without entries from categories of the current
line.

Thanks to John Wiegley for pointing this out.

better wrapping of main C function

  Thanks to Dov Grobgeld for pointing out this fix.

* lisp/ob-C.el (org-babel-C-ensure-main-wrap): Add an explicit return
  to automatically generated main methods.

Revert "org-agenda.el: Remove useless prefix argument."

This reverts commit 346907b9969150093f69a35d14bcbf430d646c05.

org-agenda.el: Remove useless prefix argument.

* org-agenda.el (org-agenda-filter-by-category): Remove
useless prefix argument.

Thanks to John Wiegley for spotting this.

doc/org.texi: Fix compilation error

Revert "org.el: Include tags from `org-tag-alist' when completing with the TAB key."

This reverts commit 647396464d563634b980127673cf61769663407e.

Revert "org.el (org-fast-tag-selection): Fix an bug when listing tags for completion."

This reverts commit dca5af369c698961a36a32dc78eaa15e14ea808e.

Revert "org.el: Fix bug when gathering tag completion options."

This reverts commit e48d67ed6d6a0f352449fbeea6091b6f216c9990.

This commit doesn't take care of tag groups.

Revert "org.el: Include `org-tag-alist' in the list for tag completions."

This reverts commit acc7a0b2bbb440b89039d56a3ffdd4bb17c9bf47.

See http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/54406

Deadlines and scheduling: Fix order in DEADLINE example

* doc/org.texi (Deadlines and scheduling): Fix the example: the DEADLINE
item should come right after the headline.

TINYCHANGE

Fix bug in using ̀org-cycle-level' in non-org modes.

* org.el (org-point-at-end-of-empty-headline): Only try to
match ̀org-todo-line-regexp' when the value is non-nil, e.g.
in non-org modes.

Thanks to Jambunathan for bringing this up.

org-table.el: Fix bug: make sure references to $0 are correctly handled.

* org-table.el (org-table-get-range): Fix bug: make sure
references to $0 are correctly handled.

Thanks to Nick Dokos for the suggestion.

This fixes the computation of values in this table:

| Record   |        Slope |    ConfLower |    ConfUpper |
|----------+--------------+--------------+--------------|
| GISTEMP  | 0.0173837600 | 0.0133209130 | 0.0214466060 |
| HadCrut3 | 0.0158602890 | 0.0118664610 | 0.0198541180 |

See this message/thread:
http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/54341

org.el: Prevent more fontification errors.

* org.el (org-fontify-meta-lines-and-blocks-1): Prevent more
fontification errors.

Thanks to Henning Redestig for reporting this and to Nick Dokos for
digging further.

Fix hook docstring to reflect renaming of state to org-state.

* lisp/org.el: (org-after-todo-state-change-hook): Fix docstring to
  reflect name change of state to org-state.

The renamed variable can cause user hooks added to
org-after-todo-state-change-hook to break, so it is essential to have
the correct variable name in the docstring.

Fix bug ion `org-footnote-normalize'.

* org-footnote.el (org-footnote-normalize): Correctly pass keyword
arguments to `org-export-preprocess-string'.

TINYCHANGE

org.texi: Fix missing links and formatting in 'Exporting' section

Revert "Fix global dynamic variables in org-special-blocks.el."

This reverts commit 9054ba39d085dc2910285a194ed2206b36875289.

The variable `line' is dynamically scoped in org-html and should
not be renamed here.

doc/org.texi: Fix two typos in Agenda commands

doc/org.texi: Fix two typos in Agenda commands

* doc/org.texi (Agenda commands): Fix typos by swapping
the equivalent keybindings to `org-agenda-next-line'
with the ones to `org-agenda-previous-line'.

TINYCHANGE

org.el: Prevent an error when trying to fontify beyond (point-max).

* org.el (org-fontify-meta-lines-and-blocks-1): Prevent an
error when trying to fontify beyond (point-max).

TINYCHANGE

Thanks to Leo and Henning for reporting this, and to Nick Dokos
for providing the fix.

org.el: Fix bug when gathering tag completion options.

* org.el (org-fast-tag-selection): Fix bug when gathering tag
completion options.

TINYCHANGE

Thanks to Noorul Islam K M for the patch.

Add :version to org.el options.

Add :version to org-timer.el option.

Add :version to org-src.el option.

Add :version to ob-scheme.el option.

Add :version to org-attach.el option.

Add :version to ob-plantuml.el option.

Add :version to org-capture.el options.

Add :version to ob-exp.el option.

Add :version to ob-js.el option.

Add :version to org-icalendar.el options.

Add :version to org-agenda.el options.

Add :version to org-taskjuggler.el options.

Add :version to org-exp-blocks.el option.

Add :version to org-list.el options.

Add :version to org-archive.el options.

Add :version to org-wl.el options.

Add :version to ob-lisp.el option.

Add :version to org-gnus.el option.

Add :version to ob-picolisp.el option.

Add :version to org-entities.el options.

Add :version to ob.el options.

Add :version to org-clock.el options.

Add :version to org-exp.el options.

Add :version to org-habit.el options.

Add :version to org-table.el options.

Add :version to org-docbook.el options.

Add :version to org-inlinetask.el option.

Add :version to org-faces.el options.