org-agenda.el: Fix bug about restoring existing window conf

* org-agenda.el (org-prepare-agenda-window): Use
`org-pre-agenda-window-conf' if already set.
(org-agenda-Quit): Set `org-pre-agenda-window-conf' to nil
when quitting.
(org-agenda-quit): Ditto.

Thanks to Moritz Ulrich for reporting a bug about this.

org-capture.el: Protect the text used for replacement from being further replaced

* org-capture.el (org-capture-fill-template): Protect the text
used for replacement from being further replaced.

Thanks to Moritz Ulrich for reporting this bug.

Fix comment auto-filling

* lisp/org.el (org-set-autofill-regexps): Install new comment line
  break function.
(org-comment-line-break-function): New function.
(org-mode): Remove unnecessary line.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org.el: Fix the contextual check against a function

* org.el (org-contextualize-validate-key): Fix the check
against a function.

Do not fill verse blocks contents

* lisp/org.el (org-fill-context-prefix, org-fill-paragraph): Do not
  fill verse blocks contents.  Verse blocks can be used to format
  free-form poetry, so filling has to be done manually.
* testing/lisp/test-org.el: Remove unnecessary tests.

Auto-filling must not break current paragraph

* lisp/org.el (org-fill-paragraph-separate-nobreak-p): New function.
(org-set-autofill-regexps): Introduce new predicate.
(org-fill-item-nobreak-p): Remove function.

org-element: Paragraphs don't end at incomplete latex environments

* lisp/org-element.el (org-element-paragraph-separate): Since this
  variable is meant to be searched forward, \end{...} shouldn't
  trigger the end of a paragraph before checking if it is the end of
  a complete environment.
(org-element-latex-environment-parser): Slight change to the regexp
matching the beginning of a latex environment.
(org-element-paragraph-parser): Paragraphs don't end at incomplete
latex environments.
(org-element-latex-or-entity-successor): Remove paragraph environments
from latex fragment search.

Update the handling of agenda/capture keys contextualization.

* org.el (org-contextualize-keys): Rename from
`org-contextualize-agenda-or-capture'.  Fix normalization to
handle empty key replacement string.
(org-contextualize-validate-key): Rename from
`org-contexts-validate'.  Allow checking against a custom
function.

* org-agenda.el (org-agenda-custom-commands-contexts): Update.
(org-agenda): Use `org-contextualize-keys'.

* org-capture.el (org-capture-templates-contexts): Ditto.

* org.texi (Templates in contexts, Setting Options): Update to
reflect changes in how contexts options are processed.

org.el (org-contextualize-agenda-or-capture): Normalize contexts

* org.el (org-contextualize-agenda-or-capture): Normalize
contexts.

Implement key replacement depending on the contexts.

* org.el (org-contextualize-agenda-or-capture): Handle key
replacement depending on the contexts.

* org-capture.el (org-capture-templates-contexts): Allow to
use the context as a way to replace one capture template by
another one.

* org-agenda.el (org-agenda-custom-commands-contexts): Allow
to use the context as a way to replace one agenda custom
command by another one.

* org.texi (Templates in contexts): Document the new structure
of the variables `org-agenda-custom-commands-contexts' and
`org-capture-templates-contexts'.

In the setup below, X is not a real capture template, it is just
an alias to templates A and B in .txt and .el files.  A and B are
deactivated by default in all files.

(setq org-capture-templates
      '(("X" "Nothing but an alias")
("A" "AAAA" entry (file+headline [...]))
("B" "BBBB" entry (file+headline [...]))))

(setq org-capture-templates-contexts
      '(("A" "A" ((not-in-file . ".*")))
("B" "B" ((not-in-file . ".*")))
("X" "A" ((in-file . "\\.txt")))
("X" "B" ((in-file . "\\.el")))))

Thanks to Carsten for suggesting this "key-replacement" idea!

org-e-texinfo.el: Tiny formatting and code fix

* org-e-texinfo.el (org-e-texinfo-table-column-widths): Remove
a quote before a lambda expression.

org-export: Small clean-up

org-export: Make sure back-end specific filters do not make any back-end check

* contrib/lisp/org-e-ascii.el (org-e-ascii-filter-headline-blank-lines):
  Remove backend check.
* contrib/lisp/org-e-texinfo.el (org-e-texinfo-filter-section-blank-lines):
  Remove backend check.
* contrib/lisp/org-export.el (org-export-define-backend): Update
  docstring accordingly.

org-export: Run export hook with current back-end as argument

* contrib/lisp/org-export.el (org-export-as): Run export hook with
  current back-end as argument.
* testing/lisp/test-org-export.el: Update test.

org-export: Nil value from a filter means filter will be skipped

* contrib/lisp/org-export.el (org-export-filter-apply-functions): Nil
  value from a filter means filter will be skipped. To ignore the
  current element or object, the filter has to return the empty string
  instead.

This change is done to ease filter writing. When writing
a backend-specific filter (and I guess most are), there's no more need
for the somewhat contrived:

  (if (not (eq backend 'e-latex)) data
    ... filter's job...)

A more straightforward:

  (when (eq backend 'e-latex)
    ... filter's job...)

is now enough.

On the other hand, it is not possible anymore to specify 'ignore as
a filter to ignore every element or object of a given type. To
achieve that goal, one can now write, for example:

  (add-to-list 'org-export-filter-example-block-functions
                 (lambda (value backend info)
                   (when (eq backend 'e-html) "")))

It will ignore every example block in the `e-html' export back-end.

org-export: Limit depth of headline collection to headline level

* contrib/lisp/org-export.el (org-export-collect-headlines): By
  default, limit depth of headline collection to last headline level.
* contrib/lisp/org-e-html.el (org-e-html-toc): Small refactoring.

org-e-html: Fix TOC generation with a non numeric value

* contrib/lisp/org-e-html.el (org-e-html-toc): Accept non numeric
  values for depth.
(org-e-html-template): Call previous function even when depth isn't
a number.
(org-e-html-keyword): Call previous function even when depth isn't
a number.  Also react on #+HTML keywords, not #+LATEX.

Makefile: remove circular dependency created by robo-changing UTILITIES->utils

* targets.mk: Remove circular dependency created by robo-changing
  UTILITIES->utils.

Fortunately this was non-fatal since direct circular dependencies are
ignored by GNU Make.  Must happen more often... :-)

contrib/lisp/org-e-texinfo: Ensure valid export of escaped characters
and remove invalid characters from menu items

* contrib/lisp/org-e-texinfo.el (org-e-texinfo--sanitize-menu): Remove
  invalid characters from menu entries and nodes.
(org-e-texinfo--sanitize-contents): Ensure @ { and } are properly
escaped in text and headlines.
(org-e-texinfo--generate-menu-items): Strip invalid characters from
menu titles.
(org-e-texinfo-fixed-width): Escape @ { and } in fixed-width
environments.
(org-e-texinfo-headline): Ensure nodes do not have invalid characters
and escape @ { and } in section titles.
(org-e-texinfo-plain-text): Use proper escape character for @ { and }.

contrib/lisp/org-e-texinfo: Remove markup from headlines when
exporting to ensure info can process them properly

* contrib/lisp/org-e-texinfo.el (org-e-texinfo--generate-menu-items):
  Use org-e-texinfo--sanitize-headline to ensure markup is stripped
  before being used for sectioning and menu information.  Nodes and
  menus can fail because of formatting and section titles do not show
  any formatting when viewed in an info-viewer.
(org-e-texinfo--sanitize-headline): Wrapper function for
org-e-texinfo--sanitize-healine-contents
(org-e-texinfo--sanitize-headline-contents): Strips markup from
headlines.  It treats content recursively to ensure nested formatting
is removed as well.

contrib/lisp/org-e-texinfo: Improve error reporting after makeinfo

* contrib/lisp/org-e-texinfo.el (org-e-texinfo-collect-errors): Fixed
  error checking to actually return an error message.

Add eldo.el to utils/

eldo.el allows to write documentation from Elisp files in an org file.

Rename UTILITIES/ to utils/

server.mk: implement `cleanrel´ here

* targets.mk: Remove `cleanrel´.

* UTILITIES/server.mk: Implement `cleanrel´, use only the names that
  will be produced by server.mk.

Makefile: adding files from contrib

* default.mk: Add customizatin variable ORG_ADD_CONTRIB with
  descriptiona and commented example.

* targets.mk: Strip leading path and trailing suffix from all elements
  of ORG_ADD_CONTRIB, then prefix with contrib/lisp and do wildcard
  expansion (this will also remove any invalid names); store the
  result in ORG_FROM_CONTRIB.  Strip /contrib from ORG_FROM_CONTRIB
  and store the result in ORG_TO_LISP.  If these are non-empty, copy
  the files from contrib/lisp/ into lisp/ before compilation and
  remove them when cleanlisp is called.

Revert "server.mk: implement `cleanrel´ here"

This reverts commit ddcf4f851154e8b13065cb8de162470827b04ca1.

server.mk: implement `cleanrel´ here

* targets.mk: Remove `cleanrel´.

* UTILITIES/server.mk: Implement `cleanrel´, use only the names that
  will be produced by server.mk.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

Implement context filtering for agenda commands and capture templates.

* org.el (org-contextualize-agenda-or-capture)
(org-rule-validate): New functions, implement context
filtering for agenda commands and capture templates.

* org-agenda.el (org-agenda-custom-commands-contexts): New
option.
(org-agenda): Use it.

* org-capture.el (org-capture-templates-contexts): New option.
(org-capture-select-template): Use it.

* org.texi (Templates in contexts): Document the new option
`org-capture-templates-contexts'.
(Storing searches): Document the new option
`org-agenda-custom-commands-contexts'.

This idea comes from Sylvain Rousseau, who implemented a similar
feature with org-context.el: https://github.com/thisirs/org-context

This implementation is a bit simpler and more general.  Simpler
because it relies on existing templates, no need to define other
contextual ones.  More general because contexts can be defined
wrt files and modes.

Thanks *very much* to Sylvain for paving the way -- certainly a
great addition to Org.

org-export: Fix reference to a free variable in macros

* contrib/lisp/org-export.el (org-export-define-backend,
  org-export-define-derived-backend): Fix reference to a free variable
  in macro.

server.mk: fix release archive names

* UTILITIES/server.mk: Strip "release_" prefix from $(GITVERSION) when
  making the archive names.

server.mk: fix typo

* UTILITIES/server.mk: Change ORGRDIR->ORGDIR everywhere.

Makefile: avoid a superfluous fork

* targets.mk: Avoid superfluous fork in implementation of clean
  targets.

Makefile: error out on invalid values of ORGCM

* lisp/Makefile: Check validity of value given in ORGCM and terminate
  with an error message if an illegal value is used.

contrib/lisp/org-e-texinfo.el: Fix export bugs

* contrib/lisp/org-e-texinfo.el (org-e-texinfo--generate-detailed): Do
  not run if there are no headlines in the file.
(org-e-texinfo-template): Generate menu and detailed menu in initial
let form.  Only insert them if non-empty.
(org-e-texinfo-headline): Ensure that %'s are properly escaped in
@node's to prevent parse errors.
(org-e-texinfo-make-menu): Do not insert "detailed" if menu is empty,
return empty entry instead.

Thanks to Bastien for reporting the failures with headline-less files
and simple "%" in the headline.

org.el: Delete `org-beginning-of-defun' and `org-end-of-defun'

* org.el (org-beginning-of-defun, org-end-of-defun): Delete.
(org-mode): Set `beginning-of-defun-function' and
`end-of-defun-function' directly.

org-e-beamer: Do not normalize empty arguments

* contrib/lisp/org-e-beamer.el (org-e-beamer--normalize-argument): Do
  not normalize empty arguments.

org-e-latex: Fix bug when exporting empty items

* contrib/lisp/org-e-latex.el (org-e-latex-item): Fix bug when
  exporting empty items.

org-e-beamer: Fix bug with default value for outline frame options

* contrib/lisp/org-e-beamer.el (org-e-beamer-outline-frame-options):
  Value must be a string, so make default value an empty string
  instead of nil.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org.el: Fix bug: include links abbreviations when completing

* org.el (org-insert-link): Fix bug: include links
abbreviations when completing.

org-e-latex: Fix typo in a docstring

* contrib/lisp/org-e-latex.el (org-e-latex--delayed-footnotes-definitions):
  Fix typo in a docstring.

org-icalendar.el: Fix bug.

* org-icalendar.el (org-icalendar-print-entries): Fix bug:
when `org-icalendar-use-plain-timestamp' is nil, scheduled and
deadline items should not be ignored.

Thanks to Friedrich Delgado for reporting this.

org.el: Small docstring clean-up

* org.el (org-ds-keyword-length, org-make-tags-matcher):
Docstring clean-up.

org-freemind.el: Fix bug when converting links

* org-freemind.el (org-freemind-convert-links-from-org):
Replace literally to prevent errors when replacing with string
containing backslashes.

Thanks to Martin Beck for reporting this.

org-pcomplete.el: Allow to match and complete a "thing" containing dashes

* org-pcomplete.el (org-thing-at-point): Allow to match (and
then complete) a "thing" containing dashes.

Thanks to Aidan Gauland for reporting this problem.

org.texi (Advanced features): Fix error in table

* org.texi (Advanced features): Fix error in table.

TINYCHANGE

Makefile: add link to Worg to `make help´

* Makefile: Add link to documentation for the build system on Worg.

server.mk: implement ELPA

* UTILITIES/server.mk: Add ELPA archive generation.

Makefile: fix some errors

* targets.mk: Repair .PHONY target.  Correctly group ORed parameters
  in find calls.  Introduce $(CLEANDIRS) and use variable instead of
  literals.  Have a command succeed at the end of `config-*´ so that
  no spurious warning is given by make.

Makefile: implement different compilation methods, rename _COMPILE_ to ORGCM

* default.mk, targets.mk, lisp/Makefile: Rename _COMPILE_ to ORGCM.

* default.mk: Define ORGCM=dirall, show other possible values as
  comments

* targets.mk: Implement target `single´, temporarily set
  ORGCM (overriding configuration).  Show newly introduced
  configuration variables with `check-*´.

* lisp/Makefile: Implement dispatch for compile based on ORGCM.
  Output header that contains the target for easier debugging.

* Makefile: Document target `single´.

Revert "Revert "Makefile: allow for different compilation methods""

This reverts commit 510f6464b06932406051fd0983586f6c1680e098.

org-table.el: Better message when interactively toggling Row/Col display

* org-table.el (org-table-toggle-coordinate-overlays): Better
message when interactively toggling.

org-colview.el: Make sure to add a face to a string that has no face

* org-colview.el (org-columns-new-overlay): Make sure to add a
face to a string that has no face.

TINYCHANGE

See the description of the bug here:
http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/58984

org-e-latex: Display nicer horizontal rules

* contrib/lisp/org-e-latex.el (org-e-latex-horizontal-rule): Display
  nicer horizontal rules. Support :width and :thickness attributes.

org-table.el: Minor docstring update

* org-table.el (org-table-number-regexp): Update the docstring
to show an example of a decimal number using the comma as a
separation mark.

org.texi (Formula syntax for Lisp): Reformat

* org.texi (Formula syntax for Lisp): Reformat.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-agenda.el: Fix a bug in category filtering

* org-agenda.el (org-prepare-agenda): Minor code clean-up.
(org-agenda-filter-by-category): Filtering must be turned off
only when a category filter has been set and this filter is
not empty.

org-agenda.el: Code clean-up

* org-agenda.el (org-search-view, org-agenda-get-todos)
(org-agenda-get-timestamps, org-agenda-get-sexps)
(org-agenda-get-progress, org-agenda-get-deadlines)
(org-agenda-get-scheduled, org-agenda-get-blocks): Use
`category-pos' instead of `org-category-pos'.

org-table: Accept comma as a decimal mark to represent numbers

* lisp/org-table.el (org-table-number-regexp): By default, accept
  comma as a decimal mark to represent numbers.

Replace "ob-" by "org-babel-" as a prefix for two functions

* ob-fortran.el (org-babel-fortran-transform-list): Rename
from `ob-fortran-transform-list'.
(org-babel-fortran-var-to-fortran): Use the new function's
name.

* ob-calc.el (org-babel-calc-maybe-resolve-var): Rename from
`ob-calc-maybe-resolve-var'.
(org-babel-execute:calc): Use the new function's name.

Add licenses to embedded and external javascript code.

* org-jsinfo.el (org-infojs-template): Add a license.
(org-infojs-handle-options): Replace all template elements.

* org-html.el (org-export-html-scripts): Add a license.
(org-export-html-mathjax-config): Replace all template
elements.
(org-export-html-mathjax-template): Add a license.
(org-export-as-html): Minor code clean-up.

contrib/: Update the README

contrib/: Delete useless files

Delete these files:
contrib/lisp/test-org-export-preproc.el
contrib/scripts/staticmathjax/README.txt

org.el: Add "#+MATHJAX" and "#+INFOJS_OPT" to the list of keywords for completion

* org.el (org-options-keywords): Add "#+MATHJAX" and
"#+INFOJS_OPT" to the list of keywords for completion.

org.el (org-src-prevent-auto-filling): Remove unused and useless option

* org.el (org-src-prevent-auto-filling): Remove unused and
useless option.

org.texi: Fix reference to an unknown variable

* doc/org.texi (Literal examples): Remove reference to unknown
  `org-export-latex-minted' variable. Also simplify footnote since
  `org-export-latex-listings' documentation is exhaustive already.

testing/: Update two tests

The current Emacs trunk bumped to version >24.2.50 because a new
release Emacs 24.2 has been decided.  `cl-map' is not an alias for
`map' in Emacs < 24.2.50 -- so take this into account in some tests.

contrib/lisp/: Replace the deleted function `org-make-link' by `concat'

* org-notmuch.el (org-notmuch-store-link)
(org-notmuch-search-store-link): Use `concat' instead of
`org-make-link'.

* org-git-link.el (org-git-create-git-link)
(org-git-insert-link-interactively): Ditto.

* org-bookmark.el (org-bookmark-store-link): Ditto.

Thanks to Friedrich Delgado for reporting this.

org.el: Autoload `org-element-at-point' instead of requiring org-element it in some commands

* org.el (org-element-at-point): Autoload.
(org-element-up): Remove useless declaration.
(org-fill-context-prefix, org-fill-paragraph)
(org-mark-element, org-narrow-to-element)
(org-transpose-element, org-unindent-buffer): Do not require
org-element.

org-element: Fix comment typo

* lisp/org-element.el (org-element-map): Fix comment typo.

org-export: Fix code comments

org-element: Add a couple of autoload cookies

org.el (org-fill-paragraph): Require org-element

* org.el (org-fill-paragraph): Require org-element.

org-agenda.el (org-agenda-persistent-marks): Minor docstring enhancement

* org-agenda.el (org-agenda-persistent-marks): Minor docstring enhancement.

Don't use :version "24.3" until Emacs 24.3 is released and/or Org sync'ed in Emacs

Always use the compatibility function `org-region-active-p'

* org.el (org-create-math-formula): Use the compatibility
function `org-region-active-p'.

* org-odt.el (org-export-as-odf): Ditto.

* ob.el (org-babel-demarcate-block): Ditto.

org.el: Fix bug in `org-mark-subtree'

* org.el (org-mark-subtree): Maybe call `org-mark-element'
interactively.
(org-mark-element): Only mark further elements when called
interactively.

For example, M-x org-export RET calls `org-mark-subtree' and
should not mark the further element when an element is already
marked.

Thanks To Bernt Hansen for reporting a bug related to this.

org.el: Add (require 'org-element) for more org-element commands

* org.el (org-mark-element, org-narrow-to-element)
(org-transpose-element): Require org-element.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-agenda.el: New 'warntime property for agenda entries

* org-agenda.el (org-agenda-get-timestamps)
(org-agenda-get-sexps, org-agenda-get-deadlines)
(org-agenda-get-scheduled): Add the 'warntime as a text
property, getting its value from the APPT_WARNTIME property.
(org-agenda-to-appt): Use the 'warntime text property.

Thanks to Ivan Kanis for reporting a bug related to this.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

org-capture.el (org-capture-place-table-line): Fix bug

* org-capture.el (org-capture-place-table-line): Fix bug.

Thanks to Ian Barton for reporting this.

Merge branch 'master' of orgmode.org:org-mode

# Please enter a commit message to explain why this merge is necessary,
# especially if it merges an updated upstream into a topic branch.
#
# Lines starting with '#' will be ignored, and an empty message aborts
# the commit.

org.el: Don't activate a plain link when it is part of a bracketed link

* org.el (org-activate-plain-links): Don't activate a plain
link when it is part of a bracketed link, unless bracketed
links are not enlisted in `org-activate-links'.
(org-open-at-point): Don't consider the text immediately after
a bracketed link is part of a plain link.

This fixes a bug when fontifying [[http://orgmode.org][Org]]Mode --
where "Mode" should not be fontified, because it is not part of the
bracketed link.

Note that there was another related bug: C-c C-o on "Mode" used to
try opening a plain link.  Also fixed in this commit.

org-md: Fix export of paragraph starting with an hash sign

* contrib/lisp/org-md.el (org-md-paragraph): Fix export of paragraph
  starting with an hash sign.

Forgot a `save-excursion'

* lisp/org.el (org-fill-paragraph): Add a `save-excursion' to avoid
  returning funny results.

Try to be smarter when filling paragraphs in message-mode

* lisp/org.el (org-fill-paragraph): Try not to include message header
  and citation lines in a paragraph when filling it.

Remove useless (t nil) sexps at the end of some (cond ...) constructs

* org.el (org-compute-latex-and-specials-regexp)
(org-paste-subtree, org-sort-entries, org-store-link)
(org-open-at-point, org-file-remote-p, org-add-log-setup)
(org-set-tags-to, org-fast-tag-selection)
(org-diary-sexp-entry): Ditto.

* org-agenda.el (org-agenda-get-blocks, org-cmp-priority)
(org-cmp-effort, org-cmp-todo-state, org-cmp-alpha)
(org-cmp-tag, org-cmp-time): Remove useless (t nil) sexps at
the end of (cond ...) constructs.

* org-mobile.el (org-mobile-create-index-file): Ditto.

* org-lparse.el (org-lparse-format-table-row): Ditto.

* org-list.el (org-sort-list): Ditto.

* org-id.el (org-id-get): Ditto.

* org-html.el (org-export-html-preprocess): Ditto.

* org-exp.el (org-default-export-plist)
(org-table-clean-before-export): Ditto.

(t nil) in (cond (...) (...) (t nil)) has no other meaning that to
remind the developer that the cond sexp returns nil in case no condition
is matched.  For several (cond ...) constructs this is obvious from reading
the code.  For others, the reminder might be useful and we leave it.

See the discussion about this on emacs-devel:
http://thread.gmane.org/gmane.emacs.devel/152664

Fix filling in in a narrowed buffer

* lisp/org.el (org-fill-paragraph): Fix filling in a narrowed buffer.
(org-fill-context-prefix): Fill prefix doesn't depend on current
narrowing.
* testing/lisp/test-org.el: Add test.

Line with a single hash sign on it is a comment

* lisp/org.el (org-mode): Line with a single hash sign on it is a comment.

Fix comment fontification

* lisp/org.el (org-set-font-lock-defaults): Fix comment fontification.

Merge branch 'holidays-fixes'

org.el: Be more strict about matching option keywords

* org.el (org-options-keywords): Add "TODO".
(org-make-options-regexp): Make the hashtag mandatory for
options and don't allow whitespaces between the hashtag and
the plus sign.

org.el: Allow lowercase "#+category" and "#+begin:" dynamic blocks

* org.el (org-refresh-category-properties)
(org-find-dblock, org-dblock-start-re, org-dblock-end-re):
Allow lowercase "#+category" and "#+begin:" dynamic blocks.

org.el: Use case-folding when trying to match clocktables and source blocks contexts

* org.el (org-context): Use case-folding when trying to match
clocktables and source blocks contexts.

org-clock.el: Fix clock overlays bug

* org-clock.el (org-clock-put-overlay): Put the overlay on the
whole headline, not only on the last character.  This fixes a
bug with overlays on headlines ending with a bracketed link.

Thanks to Ryan Kaskel for reporting this.

Fix HTML export bug for empty headlines when `org-export-with-priority' is nil

* org-html.el (org-export-as-html): Make sure we always
process a string.

* org-exp.el (org-export-cleanup-toc-line): Always return a
string.

Thanks to Friedrich Delgado for reporting this.