fix remote execution w/empty shebang header arg

Thanks to Nick Dokos for isolating this bug and suggesting this fix.

* lisp/ob-sh.el (org-babel-sh-evaluate): Don't could 0-length shebangs.

Uncomment :version "24.3" cookies.

* org.el (org-url-hexify-p, org-doi-server-url)
(org-latex-preview-ltxpng-directory, org-custom-properties)
(org-sparse-tree-default-date-type): Add :version "24.3".

* org-agenda.el (org-agenda-sticky)
(org-agenda-custom-commands-contexts): Ditto.

* org-capture.el (org-capture-bookmark)
(org-capture-templates-contexts)
(org-capture-use-agenda-date): Ditto.

* org-latex.el (org-export-latex-hyperref-options-format)
(org-export-latex-link-with-unknown-path-format): Ditto.

* org-id.el (org-id-link-to-org-use-id): Ditto.

* org-datetree.el (org-datetree-add-timestamp): Ditto.

Update ORG-NEWS

org.el: Fall back in interactive prompt when `org-make-link-description-function' fails

* org.el (org-make-link-description-function): Enhance
docstring.
(org-insert-link): Fall back on interactive prompt when
`org-make-link-description-function' fails.

Thanks to Sylvain Rousseau for triggering this.

Point to the Org ELPA page for instructions on installing through ELPA

Also some minor rephrasing.

Remove comment from previous commit.

org-agenda.el (org-todo-list): Fix redoing of todo agenda when `org-agenda-sticky' is non-nil

* org-agenda.el (org-todo-list): Fix redoing of todo agenda
when `org-agenda-sticky' is non-nil.

Makefile: do not attempt to show Org version from Emacs' perspective

* mk/targets.mk: Remove invocation of $(SHOWVER).  Emacs does some
  stupid ioctl when org-fixup gets invoked and messes up the output.

* mk/default.mk: Remove definition of $(SHOWVER).

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into maint

org-agenda.el: Fix some bugs about (indirect) windows handling

* org-agenda.el (org-agenda-quit): Delete last indirect buffer.
(org-agenda-pre-follow-window-conf): New variable.
(org-agenda-tree-to-indirect-buffer): Fix bug: don't split
agenda window when there an indirect buffer is already
displayed.

Makefile: implement target config-version

* mk/targets.mk: Implement target `config-version´ to show the version
  of Org from both make's and Emacs' perspective.  Run that target at
  the end of all `config-*´ targets.

* mk/default.mk: Add SHOWVER with the appropriate invocation of emacs
  to output the Org version.

* Makefile: Document new target `config-version´ in `helpall´.

org-element: Properly remove COMMENT and QUOTE keywords from title in parser

* lisp/org-element.el: Properly remove COMMENT and QUOTE keywords from
  title in parser.
* testing/lisp/test-org-element.el: Add tests.

Partially revert "test-ob.el: Fix test.  Delete trailing whitespaces"

This reverts the last part of commit 22c308083098f98a46bf2e752e005a9c36618b54.

* testing/lisp/test-ob.el (test-ob/results-do-not-replace-code-blocks):
  These two whitespace errors are intentional.  Do not remove them.

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into maint

test-ob.el: Fix test.  Delete trailing whitespaces

* test-ob.el (test-ob/org-babel-remove-result--results-org):
Fix test.  Delete trailing whitespaces.

org-element: Fix parsing for headlines with only a COMMENT or QUOTE keyword

* lisp/org-element.el (org-element-headline-parser): Fix parsing for
  headlines with a single COMMENT or QUOTE keyword.
* testing/lisp/test-org-element.el: Add tests.

marginally less hacky comma escaping of org blocks

* ob.el (org-babel-insert-result): Replace key sequence with
  function call.  Use a more informative flag to the local function.
  (org-add-protective-commas): Declare a new external function.
* org-src.el (org-add-protective-commas): This should be its own
  function.
  (org-edit-src-exit): Use the new function.

org-agenda.el: Speedup redisplay of an agenda item after it has been modified

* org-agenda.el (org-agenda-change-all-lines): Speedup
refresh of a single line of agenda by narrowing the agenda
buffer to just that line before calling `org-agenda-finalize'.

org-agenda.el: Make sure to get a property from (1- (point-max)), not (point-max))

* org-agenda.el (org-agenda-manipulate-query)
(org-agenda-goto-date, org-agenda-goto-today)
(org-agenda-find-same-or-today-or-agenda, )
(org-agenda-later, org-agenda-change-time-span)
(org-agenda-change-all-lines)
(org-agenda-execute-calendar-command)
(org-agenda-goto-calendar, org-agenda-convert-date): Make sure
to get a property from (1- (point-max)), not (point-max)).

Thanks to Juan Pechiar for reporting a related problem.

Small fixes to the guide and the manual

* org.texi (Installation, Feedback, Batch execution):
Use (add-to-list 'load-path ... t) for the contrib dir.

* orgguide.texi (Activation): No need to add org-mode to
auto-mode-alist since Emacs 22.2.

org-src.el: Fix commit e279e9

ob-dot.el (org-babel-execute:dot): Throw an error when there is no :file parameter

* ob-dot.el (org-babel-execute:dot): Throw an error when there
is no :file parameter.

org-table.el: Convert time-stamps to inactive time-stamp so that Calc can handle them correctly

* org-table.el (org-table-eval-formula): Convert time-stamps
to inactive time-stamp so that Calc can handle them correctly.

Thanks to Daniel E. Doherty for reporting this.

org.el: Don't set org-hide foreground to "invisible-bg"

* org.el (org-mode): Don't set org-hide's foreground
to "invisible-bg".
(org-find-invisible-foreground): New function.

org-table.el: Warn with a message when formulas have been updated

* org-table.el (org-table-fix-formulas): Warn with a message
when formulas have been updated.

Fix error messages: don't use a dot at the end

ob-org: By default, export code from Org src blocks

* lisp/ob-org.el (org-babel-default-header-args:org): By default,
  export code from Org src blocks.

org-e-html.el (org-e-html-final-function): Turn on `html-mode', not `nxml-mode'

* org-e-html.el (org-e-html-final-function): Turn on
`html-mode', not `nxml-mode'.

org-publish.el (org-publish-cache-ctime-of-src): Fix reference to relative symlinks

* org-publish.el (org-publish-cache-ctime-of-src): Delete
the base-dir argument and use (file-name-directory file) to
get the file's directory.
(org-publish-update-timestamp)
(org-publish-cache-file-needs-publishing): Call
`org-publish-cache-ctime-of-src' with only one argument.

Thanks to T.F. Torrey who suggested a fix for this.

org.el (org-follow-timestamp-link): Fix bug when using sticky agenda

* org.el (org-follow-timestamp-link): Fix bug when using
sticky agenda.  Add a docstring.

Thanks to Christoph Lange for reporting this.

org-fixup.el (org-make-local-mk): Fix typo in comment

* org-fixup.el (org-make-local-mk): Fix typo in comment.

org-agenda.el (org-agenda-sticky): Don't use a function to set.  Add a :version string.

* org-agenda.el (org-agenda-sticky): Don't use a function to
set.  Add a :version string.

Add a link to documentation

* doc/org.texi (Tracking your habits): Point to the
  "Tracking TODO state changes" section.

As suggested by Jonas Stein.

TINYCHANGE

mk/server.mk: Use /elpa/ instead of /pkg/daily/

Rebind `org-agenda-priority' to `C-c ," in agenda mode (`C-u C-c ,' now shows priority)

* org.el (org-priority): Use a new argument to show priority
instead of setting it.
(org-show-priority): New function to show priority both in
normal Org buffers and in Org Agenda buffers.
(org-speed-commands-default): Use "," as a speed command for
setting priority.

* org-agenda.el (org-agenda-mode-map): Bind
`org-agenda-priority' to `C-c ,' as it was before.
(org-agenda-show-priority): Delete.
(org-agenda-priority): Use a new argument to show priority
instead of setting it.

Thanks to Robert Horn for triggering this change.

Rename some functions and move some hooks.

* org.el (org-font-lock-hook, org-set-font-lock-defaults): Add
a docstring.
(org-display-inline-remove-overlay): Rename from
`org-display-inline-modification-hook'.
(org-speed-command-activate): Rename from
`org-speed-command-default-hook'.
(org-babel-speed-command-hook): Rename from
`org-babel-speed-command-activate'.

* org-agenda.el (org-agenda-update-agenda-type): Rename from
`org-agenda-post-command-hook'.
(org-agenda-mode): Use the new name.
(org-agenda-post-command-hook): Define as obsolete function.

* org-lparse.el (org-lparse): Temporarily activate the hooks
needed for the ODT conversion.
(org-lparse-preprocess-after-blockquote): Rename from
`org-lparse-preprocess-after-blockquote-hook'.
(org-lparse-strip-experimental-blocks-maybe): Rename from
`org-lparse-strip-experimental-blocks-maybe'.
(org-lparse-preprocess-after-blockquote-hook)
(org-lparse-strip-experimental-blocks-maybe-hook): Define as
obsolete functions.

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into maint

ob.el (org-babel-insert-result): Comma-escape results inserted with ":results org"

* ob.el (org-babel-insert-result): Comma-escape results
inserted with ":results org".

org-src.el: Fix bug about C-c C-s'ing in the source editing window

* org-src.el (org-edit-src-code, org-edit-src-exit): Fix bug
about saving the source editing window with the default value
for `org-src-window-setup' (i.e. 'reorganize-frame).

org-src.el (org-src-font-lock-fontify-block): Fix bug: don't fontify the last character

* org-src.el (org-src-font-lock-fontify-block): Fix bug: don't
fontify the last character.

org.el (org-open-at-point): Don't follow timestamp within bracket links

* org.el (org-open-at-point): Don't follow timestamp within
bracket links.

mk/server.mk: (hopefully) correct generation of the package description vector

* mk/server.mk: Correct generation of the package description vector.
  Use empty list instead of nil and add the package type "tar".  With
  these changes a local copy of the package directory is recognized
  correctly.  Add local file variable to the package description files
  so that the byte compiler does not try to compile them.

org-capture.el (org-capture-templates): Fix typo in docstring

* org-capture.el (org-capture-templates): Fix typo in docstring.

org-id-link-to-org-use-id: Align doc string

* org-id.el (org-id-link-to-org-use-id): Align the doc string to the
changed default.

A leftover of commit 0906e32b.

Merge branch 'maint' of orgmode.org:org-mode into maint

mk/server.mk: Fix echo usage for the orgmode.org server

fix test: BEGIN_ORG / END_ORG has been replaced by BEGIN_SRC org / END_SRC

* testing/lisp/test-ob.el (test-ob/org-babel-remove-result--results-org):
  BEGIN_ORG / END_ORG has been replaced by BEGIN_SRC org / END_SRC.
  Change test comparison template accordingly.

* testing/lisp/test-ob.el (test-ob/org-babel-remove-result--results-*):
  These tests had duplicate definitions, removed the first one of each.

mk/server.mk: Let's use /pkg/daily/ for now

mk/server.mk: Add an "archive-contents" target

Based on the proposal by Eric Schulte on the mailing list.
Also use the /var/www/orgmode.org/elpa/ directory as the
place where to store ELPA archives (whether they are further
downloaded to the elpa.gnu.org server or not.)

Fix a compiler warning.

org-agenda.el (org-agenda-skip): Skip information retrieved from a source block

* org-agenda.el (org-agenda-skip): Skip information retrieved
from a source block.

Thanks to Sébastien Vauban for pointing at this.

ob.el: Reintroduce ":results org" but using "#+BEGIN_SRC org", not "#+BEGIN_ORG"

* ob.el (org-babel-common-header-args-w-values)
(org-babel-insert-result): Reintroduce ":results org" but
using "#+BEGIN_SRC org", not "#+BEGIN_ORG".

* org.texi (results): Update documentation for ":results
drawer" and ":results org".

ob.el: Remove "org" the list of predefined values for the ":results" parameter

* ob.el (org-babel-common-header-args-w-values): Remove "org"
the list of predefined values for the ":results" parameter.

This complete the previous fix (commit 203e50b).

* ob.el (org-babel-insert-result): Remove support for ":results org"

* ob.el (org-babel-insert-result): Remove support for
":results org".

The insertion of #+BEGIN_ORG was confusing.  You can either use
":results raw" to insert the raw results or ":results drawer" to
wrap them into a :RESULTS: ... :END: drawer.

ob.el: Deprecate ":results wrap" in favor of ":results drawer"

* ob.el (org-babel-common-header-args-w-values)
(org-babel-insert-result): Deprecate ":results wrap" in favor
of ":results drawer".

org-crypt.el (org-at-encrypted-entry-p): Fix bug when the check happens before the first headline

* org-crypt.el (org-at-encrypted-entry-p): Fix bug when
the check happens before the first headline.

org-capture.el: Add declarations and check is `org-crypt' is loaded (Fix commit ac6409fe)

* org-capture.el (org-at-encrypted-entry-p)
(org-encrypt-entry, org-decrypt-entry): Declare.
(org-capture-set-target-location): Check whether `org-crypt'
has been loaded.

Thanks to Mike McLean for reporting this.

org.texi (Column width and alignment): Fix typo

* org.texi (Column width and alignment): Fix typo.

Thanks to Erich Neuwirth for spotting this.

org-agenda.el (org-agenda-todo-custom-ignore-p): Fix typo in docstring

* org-agenda.el (org-agenda-todo-custom-ignore-p): Fix typo in docstring.

Allow using an encrypted headline as a capture target.

* org-capture.el (org-capture-finalize): Maybe re-encrypt
the target headline if it was decrypted.
(org-capture-set-target-location): Maybe decrypt the target
headline.

* org-crypt.el (org-at-encrypted-entry-p): New function.

Thanks to Guilherme Gondim for suggesting this.

org.el (org-options-keywords): Add "STYLE:"

* org.el (org-options-keywords): Add "STYLE:".

mk/server.mk: Add COPYING to ELPA archives

Add COPYING and fix other related issues.

Mention COPYING in READMEs.
Fix the header of ob-fortran.el (see this fix in Emacs trunk:
http://lists.gnu.org/archive/html/emacs-diffs/2012-09/msg00365.html)
Specify that org-colview-xemacs.el is *not* part of Emacs.
Specify that org-element.el is part of Emacs (prepare the sync.)
Add COPYING in the release (mk/server.mk).

org-agenda.el (org-agenda-ndays): Fix bug

* org-agenda.el (org-agenda-ndays): Don't make an alias, as
`org-agenda-span' is defined separately.

Thanks to Tassilo for reporting this.

Small enhancements to the main Org menu.

* org.el (org-in-subtree-not-table-p): New utility function
for building the menu.
(org-org-menu): Add an item for refiling.  Check more contexts
when activating items.
(org-tree-to-indirect-buffer): Use `org-up-heading-safe'.

* org-agenda.el (org-agenda-tree-to-indirect-buffer)
(org-agenda-do-tree-to-indirect-buffer): Use argument `arg'.

org-capture.el: Set a correct time value with file+datetree+prompt

* org-capture.el (org-capture-set-target-location): Set a
correct time value when storing a note in a datetree and
prompting the user for a date.

Thanks to Gregor Zattler for reporting this.

org-capture.el (org-capture-mode): Fix bug: don't run the mode's hook twice

* org-capture.el (org-capture-mode): Fix bug: don't run the
mode's hook twice.

Thanks to Kalev Takkis for reporting this.

org-agenda.el: Use `define-obsolete-variable-alias'

* org-agenda.el (org-agenda-menu-two-column)
(org-finalize-agenda-hook, org-agenda-ndays): Use
`define-obsolete-variable-alias' instead of
`make-obsolete-variable'.

org.el: Use nil as the default value for `org-link-to-org-use-id'

* org.el (org-link-to-org-use-id): Move to org-id.el.

* org-id.el (org-id-link-to-org-use-id): Rename from
`org-link-to-org-use-id'.  Use `nil' as the default value.
(org-link-to-org-use-id): Alias and define as obsolete.

`org-link-to-org-use-id' was previously defined in org.el but only
active when org-id.el was loaded.  This is wrong.  It now belongs
to org-id.el.

Also, as some libraries require org-id.el on the fly, a non-nil
default value for `org-link-to-org-use-id' had the side-effect of
changing the behavior of `org-store-link' behind the user's back.
Which is wrong too.  The new default value is `nil' so that, even
when a library requires org-id.el without the user noticing it,
the behavior of `org-store-link' will not change.

Users who want to keep the previous behavior can set the variable
to 'create-if-interactive-and-no-custom-id

INCOMPATIBLE

do not set variables belonging to ESS

* lisp/ob-R.el (org-babel-R-initiate-session): Protect against use of
  unbound variable `ess-ask-for-ess-directory´. The default for this
  variable is true, so act accordingly if it is found unbound.

* lisp/ob-R.el: Remove initialization with `nil´ from
 `ess-ask-for-ess-directory´ and `ess-local-process-name´.  Remove
 second declaration for `ess-local-process-name´.

* testing/lisp/test-ob-R.el (test-ob-R/simple-session): Bind
  `ess-ask-for-ess-directory´ to nil to facilitate batch testing.

org-agenda.el: Fix bug about 'time-up sorting strategy not being honored

* org-agenda.el (org-search-view, org-agenda-get-todos)
(org-agenda-get-timestamps, org-agenda-get-blocks): Use the
dotime parameter of `org-agenda-format-item' so that 'time-up
and 'time-down agenda sorting strategies are handled correctly.

Thanks to Richard Lawrence who reported this.

contrib/lisp/org-e-html.el: Honor the use of `org-time-stamp-custom-formats'

* org-e-html.el (org-e-html-timestamp): Honor the use of
`org-time-stamp-custom-formats'.

org-capture.el (org-capture-fill-template): Fix checking of protected template entries

* org-capture.el (org-capture-fill-template): Fix checking of
protected template entries.

Thanks to Myles English for spotting this.

org.el (org-cycle-global-at-bob): Fix typo in docstring

* org.el (org-cycle-global-at-bob): Fix typo in docstring.

Small fixes to the README files and to mk/server.mk

Reorder the README files.

Delete README_DIST.
Use README as the readme file for the distribution.
Use README_ELPA as the readme file for ELPA packages.
New README_git file to describe readme files in git.
Update mk/server.mk to include the correct READMEs.
Update mk/set-version.pl to update README.
Add some more help info in mk/server.mk.

contrib/lisp/org-wikinodes.el: Fixes

* org-wikinodes.el (org-wikinodes-follow-link): Specify
the directory when trying to find a target.
(org-wikinodes-which-file): Rewrite.

org.el: Fix bug in `org-insert-drawer'

* org.el (org-insert-drawer): Deactivate the mark before
trying to indent the :END: of the drawer.

Thanks to Christoph LANGE for reporting this.

org-clock.el (org-clock-in): Fix bug in setting the clock heading

* org-clock.el (org-clock-in): Fix bug in setting the clock
heading.

TINYCHANGE

org.texi (Activation): Point to the "Conflicts" section

* org.texi (Activation): Point to the "Conflicts" section.

org.texi (Conflicts): Mention filladapt.el in the list of conflicting packages

* org.texi (Conflicts): Mention filladapt.el in the list of
conflicting packages.

Thanks to Anthony Lander for the hook.

contrib/lisp/org-wikinodes.el: Fix typo

* org-wikinodes.el
(org-wikinodes-clear-directory-targets-cache): Rename from
mispelled name.
(org-wikinodes-follow-link)
(org-wikinodes-clear-cache-when-on-target): Use the correct
name.

org-agenda.el (org-agenda-export-html-style): Default to nil

* org-agenda.el (org-agenda-export-html-style): Default to nil
as any string value will replace the htmlize style.

See commit 8447ea.

Makefile: add contrib files while generating autoloads

* mk/targets.mk: Move copy of contrib additions to lisp/Makefile.

* lisp/Makefile: Let `autoloads´ in lisp re-generate contrib files by
  depending on new target `addcontrib´ in the right order.

mk/server.mk: rename orgplus to org-plus-contrib

* mk/server.mk: Rename EPLA package from orgplus to org-plus-contrib.

org-element: Fix inline-src-block parsing at the beginning of an item

* lisp/org-element.el (org-element-inline-src-block-successor): Fix
  inline-src-block parsing at the beginning of an item.
* testing/lisp/test-org-element.el: Add test.

Don't force the <style> tag to be present in `org-agenda-export-html-style'

* org-agenda.el (org-agenda-write-buffer-name): Remove the
test for the presence of <style> tag.

TINYCHANGE

org.el (org-cycle-hook): Fix tiny typo in docstring

* org.el (org-cycle-hook): Fix tiny typo in docstring.

org.el: Add docstrings

* org.el (org-time-string-to-time)
(org-time-string-to-seconds, org-end-of-subtree): Add a
dosctring.

org-freemind.el (org-freemind-write-node): Enhance links conversion in nodes

* org-freemind.el (org-freemind-write-node): Enhance links
conversion in nodes.

Thanks to Bill Day for requesting this.

org-freemind.el (org-freemind-write-node): Convert links in nodes

* org-freemind.el (org-freemind-write-node): Convert links in
nodes.

Thanks to Bill Day for reporting this.

org-e-publish.el (org-e-publish-org-to-html): Fix typo

* org-e-publish.el (org-e-publish-org-to-html): Fix typo.

TINYCHANGE

do not use an explicit nil argument for package requirements

* mk/server.mk: Do not use an explicit nil argument for package
  requirements.

Marmalade chokes on this, thanks to E. Schulte for the report.

org.el: Use "capture" instead of "remember" in docstrings.

* org.el (org-link-to-org-use-id, org-directory)
(org-default-notes-file, org-reverse-note-order)
(org-extend-today-until, org-finish-function)
(org-store-link-functions): Use "capture" instead of
"remember" in docstrings.  Also use the `org-capture' group
when it makes sense.

org.texi (Activation): Adding org-mode to `auto-mode-alist' is not needed for versions of Emacs > 22.1

* org.texi (Activation): Adding org-mode to `auto-mode-alist'
is not needed for versions of Emacs > 22.1.

Thanks to Robert P. J. Day for suggesting this.

org-agenda.el: Fix bug when showing indirect agenda in another frame

* org-agenda.el (org-agenda-tree-to-indirect-buffer): Find the
correct agenda buffer.  Don't split the agenda window when the
indirect buffer is displayed in another frame.

Thanks Viktor Rosenfeld for reporting this.

org.el (org-mode): Try to set the org-hide face correctly

* org.el (org-mode): Try to set the org-hide face correctly.

Thanks to Arne Babenhauserheide for reporting a related problem.

org-exp.el (org-export): Set the mark correctly when exporting a subtree

* org-exp.el (org-export): Set the mark correctly when
exporting a subtree.

Thanks to Tyler Smith for reporting this problem.

org-agenda.el: Fix the display of the number of commands for block agendas

* org-agenda.el (org-agenda-get-restriction-and-command): Fix
the display of the number of commands for block agendas.

Thanks to Sébastien Vauban for reporting this.

org-agenda.el: Allow `org-agenda-finalize-hook' to modify the buffer

* org-agenda.el (org-agenda-before-write-hook)
(org-agenda-add-entry-text-maxlines): Enhance phrasing.
(org-agenda-finalize-hook, org-agenda-mode-hook): Tell that
the buffer is writable when the hook is called.
(org-agenda-finalize): Allow org-agenda-finalize-hook to
modify the buffer.

Thanks to Moritz Ulrich and to Aaron Ecay for triggering this fix.